两者的概念
实行建设监理已经成为我国建设领域的一项重要制度，称之为“建设监理制”。建设监理，是指具有法人资格的监理单位受建设单位的委托，依据有关法律、法规以及合同等对施工阶段工程建设投资、工期和质量进行的监督管理。
建设项目全过程审计是审计机构以国家的法律、法规为依据，运用现代审计方法对建设项目决策、设计、招投标、施工、竣工验收及结(决)算全过程的技术经济活动和固定资产形成过程中的财政、财务收支的真实性、合法性和有效性进行审计监督和评价，维护国家、业主及相关利益者的合法权益，有效控制和如实反映工程造价，促进管理和廉政建设，提高投资效益。
两者服务目的、对象一致
监理工程师开展的监理活动，本质上是为业主提供项目管理服务。它是在工程项目建设过程中，以信息为基础，利用自己的工程建设方面的知识、技能和经验对业主委托的内容进行分析、研究，提出建议、方案和措施，并在需要时实施协助的一种高层次、智力密集型的服务，其目的是提高建设水平和投资效益。
建设工程全过程审计是从内部审计的角度出发，借助社会中介机构的审计服务，解决重预算和竣工结算、轻过程控制的现象，将审计关口前移，有效克服事后监督的局限性，充分发挥审计的监督、评价、控制、咨询和鉴证职能，同时解决内审人员专业力量不足的现实问题，合理维护各方的合法权益，促进相关管理单位提高投资效益，更好地达到控制造价的目的，并从源头上促进廉政建设。
两者的主要不同点
监督对象不同，承担责任、追求目标也不同
高校建设工程监理主要是监督承包商和业主要遵守国家建设标准、建设规范进行基建工程建设。工作适用方法涉及到技术和经济两个方面，以技术方面为主，承担工程建设项目施工质量方面的责任。追求的目标是：质量好、速度快、效益高。
建设工程全过程审计是对参与整个活动中所有组织和个人行为是否遵循国家有关工程建设、审计及管理的政策、法规实施审计监督，要求计价规范，控制有效，监督有力。工作适用方法涉及到经济和技术两个方面，以经济方面为主，承担工程建设项目经济方面的责任。追求的目标是：监督有力、计价准确、控制有效。
主要工作内容不同
监理作为一种工程建设管理的新体制和新模式，主要是依据建立委托合同，在业主委托授权范围内对工程施工者的行为进行监控、督导和评价，采取相应的管理措施，保证施工行为符合国家法律、法规的规定，制止施工行为的随意性和盲目性，同时也促使工程进度、造价、质量按合同实现，确保工程建设行为的合法性、科学性和合理性。
建设工程全过程审计是对建设工程项目全寿命周期或一个阶段全过程技术经济活动及参与单位的相关经济行为真实性、合法性、有效性进行审计监督和评价的活动，是定位在不改变原建设工程各方的任务、责任、职权、义务的前提下，将内部审计监督的智能由事后提前到事前、事中，以提高审计监督力度，降低审计风险，是以造价控制为主，把审计、造价控制有机整合、综合服务。
工作职责不同
建设工程监理的中心任务可归结为“三控二管一协调”。“三控”指建设项目的目标控制管理，就是对经过科学规划所确定的建设项目的工程进度、工程质量及工程投资三大目标进行控制。三大目标控制是监理企业必须贯彻始终的中心工作。“二管”指建设工程的合同管理和信息管理。“协调”指监理方为实现工程目标，在业主授权和支持下，对建设过程中出现的各种矛盾进行组织协调工作，使问题得以逐一解决。
建设工程全过程审计职能应围绕工程造价开展审计工作。具体职能可以开过为“监督、控制职能”和“鉴证、评价职能”。“监督、控制职能”即通过对建设工程中的经济活动的监督，判断其是否合法、合规并符合有关的既定标准，对违反的经济行为予以揭露并提出纠正措施或提出处罚意见。目的是要在事前、事中及早发现问题并及时采取纠偏措施，使经济活动自始至终处于受控状态。“鉴证、评价职能”指对建设工程中的经济活动的真实、有效性进行分析、评价，从而有针对性地提出意见和措施，以促使整改。
两者的委托单位不同
建设工程监理一般是由学校的基建管理部门委托具有相应资质的社会监理公司负责实施。
根据《教育部关于加强和规范建设工程项目全过程审计的意见》(教财[2007]29号)第三条“各部门、各单位开展建设项目全过程审计，由内部审计机构或内部审计机构委托具有相应资质的工程造价咨询机构实施”，建设工程全过程审计一般由学校的审计部门委托具有相应资质的社会造价咨询公司负责实施。
基建部门与内部审计部门两者存在着监督与被监督的关系，相应的委托单位之间也存在着监督与被监督的关系，职责范围不同。
两者相互协调
全面履行各自职责，共同为建设项目把关
监理要认真落实“三控二管一协调”，在全面质量管理的基础上，加强进度控制，切实履行投资控制的职责，并完成合同管理和信息管理、安全文明施工监督管理，以及各参建单位之间的协调工作等。
全过程审计要制订切实可行的审计实施方案，明确审计管理目标，确定审计重点：咨询人应根据承揽工程项目的特点，结合自身的审计业务能力，制定施工、监理、工程进度款、隐蔽工程验收、工程洽商变更确认、大宗设备材料采购等各阶段和主要环节所采取的控制方法、措施和审计程序;明确审计管理过程中的组织协调与服务承诺;制定审计档案保管和移交办法;对承揽工程的审计风险分析提供合理化审计建议等。
工作流程行之有效，保证工程顺利进行
监理接受业主的授权后，根据建设工程监理规划编写的依据，编制监理规划，进一步编制监理实施细则，使监理成为目标、计划、监督落实的系统性工作。
全过程审计接受业主委托后，在力求保证工程建设过程的经济活动真实、合法、有效的前提下，依据委托全过程审计、监理、施工等各项合同，结合监理规划中的监理工作程序、方法及措施、流程、控制要点及建设工程的各项管理规定，建立建设工程全过程审计的基本程序和工作流程，并制定全过程审计要点，根据不同的要点明确审计的控制关口，针对发现的设计效益性、合规性问题，定期或不定期地提出审计意见和建议，促使问题的解决，既保证对经济活动监督和评价的质量，又保证工程能顺畅地进行。