工程建设完成分部工程、单位工程、单项合同工程，或者中间机组启动前，应当组织法人验收。法人验收是政府验收的基础，政府验收包括专项验收、阶段验收和竣工验收。工程通过竣工验收，验收遗留问题处理完毕和尾工完成并通过验收的，竣工验收主持单位向项目法人颁发工程竣工证书。工程竣工证书格式由水利部统一制定。
项目法人与工程运行管理单位不同的，工程通过竣工验收后，应当及时办理移交手续。工程移交后，项目法人以及其他参建单位应当按照法律法规的规定和合同约定，承担后续的相关质量责任。项目法人已经撤消的，由撤消该项目法人的部门承接相关的责任。
一、验收的严肃性
由于历史原因，已投入试运行多年，但仍未验收的水利工程，应根据“尊重历史，实事求是，规范管理，促进发展”的原则，妥善处理好历史遗留问题。对于工程质量资料不全，或无质量监督结论的小型水利项目，可先由项目法人委托第三方进行质量检测，形成质量评估报告，再由项目法人申请有关部门组织验收。
对于非政府投资的农村水电站项目，竣工验收可适当简化。如果政策处理工作已完成、当地政府已组织并通过清库验收、第三方的质量检测评估报告已完成、项目法人已委托第三方完成了工程决算并通过股东会审议，政府部门可组织竣工验收，但验收委员会应由专项验收组织单位和相关单位参加。水利工程未经验收或验收不合格的，不得交付使用或者进行后续施工。未经机组启动验收的水电站，电网企业及主管部门不准同意投入正式运营，不得结算上网电费。
对未经水库蓄水验收或未经机组启动验收，违法投入运行的农村水电站，相关部门应责令业主立即采取措施，停止违法行为。对存在严重安全隐患，影响公共安全的违法投入运行的水电站，电网企业或部门应立即采取解网等措施。
二、验收程序
1、单位工程验收单位工程验收应由项目法人主持，验收工作组应由项目法人、勘测、设计、监理、施工、主要设备制造（供应）商、运行管理等单位的代表组成。必要时，可邀请上述单位以外的专家参加。单位工程验收工作组成员应具有中级或以上技术职称或相应执业资格。邀请质监机构派员列席验收会议。
2、合同工程完工验收合同工程完工验收应由项目法人主持。验收工作组应由项目法人以及与合同工程有关的勘测、设计、监理、施工、主要设备制造（供应）商等单位的代表组成。是否组织合同工程完工验收视工程具体情况确定。
3、阶段验收阶段验收应包括枢纽工程导（截）流验收、水库下闸蓄水验收、引（调）排水工程通水验收、水电站（泵站）首（末）台机组启动验收、部分工程投入使用验收以及竣工验收主持单位根据工程建设需要增加的其他验收。是否组织阶段验收视工程具体情况确定。
三、工程质量与效益评价
1、工程质量评价若出水库现质量问题，轻则是渗水严重，蓄不住水，达不到预期的经济和社会效益目的，重则是大坝溃堤，威胁下游群众的生命财产，因此审计时应对工程质量进行评价。但在工程质量方面，审计人员的专业又不具备权威性，不好进行评价。审计时应把握以下几点，一要审查其是否根据水利部《水库大坝安全鉴定办法的通知》的规定，经有权部门进行了相关的安全鉴定，鉴定后发现的问题是否得到了整改；二要审查其工程质量管理内控制度是否健全性、有效；三要抽查主要材料物资的质量管理情况；四要听取有关设计、监理单位的意见；五要将水库试运行期间大坝水平位移、垂直位移、渗漏量等测量记录与《水利水电工程竣工验收与质量评定标准》规定的允许值比较，审查其是否在允许范围内。
2、工程进行验收时质量评定意见按照水利行业现行标准SLl76—9《水利水电工程施工质量评定规程》（试行）进行质量评定。阶段验收和单位工程验收应有水利水电工程质量监督单位的工程质量评价意见。
竣工验收必须有水利水电工程质量监督单位的工程质量评定报告；竣工验收委员会在其基础上鉴定工程质量等级。验收工作由验收委员会（组）负责，验收结论必须经2/3以上验收委员会成员同意。
验收过程中发现的问题，其处理原则由验收委员会（组）协商确定。主任委员（组长）对争议问题有裁决权。若有1/2以上的委员（组员）不同意裁决意见时，应报请验收主持单位或其上级主管部门决定。验收委员会（组）成员必须在验收成果文件上签字。验收委员（组员）的保留意见应在验收鉴定书或签证中明确记载。
工程验收的遗留问题，各有关单位应按验收委员会（组）所提要求，负责按期处理完毕。工程项目中的建设征地补偿及移民安置可按国家有关规定单独组织验收，并由验收主持单位提前向该工程验收委员会提交建设征地补偿和移民安置验收工作报告。没有提交建设征地补偿和移民安置验收工作报告的，不予竣工验收。验收资料制备由项目法人负责统一组织。
3、工程效益评价将试运行期间水库的进水量、灌溉供水电、发电量、最大防洪能力以及年财务收入、经济内部回收率等指标与项目《可行性研究报告》上的相关指标相比较，评价其是否实现了预期的效益。
四、竣工结算
1、严格执行合同单价水利建设工程因受自然条件的影响很大，而很多因素却又难以在事先完全弄清楚，所以大多签订的是单价合同。审核工程单价时，除总价承包部分外，竣工结算单价应按合同约定的单价执行；合同外工程单价应按合同约定的结算办法与要求编制补充单价，不得高套、折算，不得随意毛估或重复计算。
2、其他费用的审核要坚持合情合理，审核中要根据费用的发生具体对待，水利建设工程其他费用大体有4类，即：施工中发生的索赔费用；政策性规定的费用；市场波动产生的材料价差费用；实行激励机制产生的费用。
对于施工中发生的索赔费用，是由于发包方未履行合同义务，或发生了应由发包方承担的风险而导致承包商受到损失。如发包方交付图纸技术资料、场地、道路等时间的延误；合同文件中水文地质资料未能预计到的自然因素；发生了无法预测或合理防范的自然灾害；第三方的原因（如设计、监理、指定分包）导致的承包商的损失；材料的缺陷。
在审核时应根据项目本身的实际情况进行核实，做到实事求是，尽量避免差错。对于政策性规定的费用，审计时要以国家和相关部门的文件为准。对于因市场波动而引起的材料价差费用，审核重点是看合同约定是否允许补差及补差方式是否合情合理。对于实行激励机制产生的费用，如提前竣工奖、赶工措施费等要以合同、协议为计费依据。
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