工程建设监理制度起源于国际咨询工程师联合会编制的FIDIC系列工程合同条件中的工程师制度，已有30多年的历史，为我国建筑市场的发展贡献颇多。
但无论监理工作的社会环境、监理行业内部，监理工程师制度都存在各种矛盾，影响了监理作用的正常发挥和监理行业的健康发展。
1、监理制度与我国传统工程管理方式之间的矛盾
我国传统工程管理模式以业主直接管理工程项目为主要特色，虽然有着单次、分散、不规范等缺点，但对于长期存在建设任务的企业来说，仍有管理连续、情况熟悉、经验丰富等优势，仍有一大批理论水平不高但实践经验丰富的建设管理人员。
监理制度最初的基本点在于“独立的第三方”（当然现在已经逐步不再有这个提法），从业能力以理论考试为主，实践性不足，制度的实施未能很好处理新旧管理体制的衔接，形成了非此即彼的对立关系，这是导致监理制度一系列矛盾的根源。
2、监理理论与实践之间的矛盾
管理，是社会组织中，为了实现预期的目标，以人为中心进行的协调活动。管理的职能包括计划、组织、领导、控制、创新。控制是为了保证企业计划与实际作业动态相适应的管理职能；控制工作的主要内容包括确立标准、衡量绩效和纠正偏差。
从以上概念可以看出，作为监理工作中心的控制只是整个工程管理循环的一个职能，其他计划、组织、领导环节是施工单位的职能，监理只有审核、检查权，不能过度干涉，否则就会越过界限，模糊责任主体。
另一方面，在实施控制时，监理可以确立标准、衡量绩效，但纠正偏差只能由施工单位实施。因此，作为管理过程的一个环节，控制工作是无法单独进行的，这一矛盾在实践中不断地体现，困扰着监理人员。
例如，在现浇混凝土板施工中，拟采用小钢模钢管支撑模板体系，监理提出该施工方法复杂，支撑负荷大，易发生漏浆，导致混凝土表面质量不好，后期抹灰难度大、成本高，要求改为木胶板，这样可提高工效、保证质量、降低成本，对业主、承包商都有利。
但施工单位考虑购买木胶板一次性投入大，同时缺乏有关施工经验，坚持采用原方法，最后表示如采用木胶板法，需要增加工程款，并且出现质量问题由监理负责。业主因缺乏建筑经验，无法表态，同时也不同意增加造价。监理考虑再三，只好放弃要求。
3、监理企业生存与发展之间的矛盾
从利益出发，任何一个监理公司都希望有更高的收费，任何一个业主都希望有最低的建设成本。
监理企业之间为了生存，竞相低价恶性竞争违反了国家的相关法规，是被动违法违规，而业主以降低监理服务质量为代价压低监理收费，是主动违法违规。
不管是主动还是被动，违规者都没有受到相应的处罚，所以违法风险小；相反监理企业不低价竞标、不搞阴阳合同就不能适应当前的建筑市场，就更留不住人才，企业生存就会受到威胁等，相对而言守法成本就高，造成监理企业发展动力不足的局面。
4、监理行业相关各方利益之间的矛盾
在“三控”实施中，由于各方利益不同，对三控的关注度和控制力要求不同，监理为了维护自身利益，难免与业主方产生管理意见分歧，这是造成了业主“收权”的一个原因。
目前建筑行业行为不规范，施工单位带资承包、业主原因导致工期拖延和工程款支付不及时普遍存在，施工单位一般不会采取严格的合同措施，也不愿停工，就采取偷工减料、减少安全投入的方法降低成本。
监理由于职责所在必然会要求整改甚至停工，业主出于自身利益，当然不会支持监理。一旦发生质量、安全事故，业主则会将责任推给监理，监理最终成为业主、承包商（主要是业主）违法行为的牺牲品。
比如某房地产开发商为了早日完工卖房，在气温低于零下10℃时仍强令进行高空混凝土浇筑作业，并且不同意增加工程造价，施工单位在没有有效质量、安全保证措施的情况下作业，监理明知会出现质量问题并向业主提出书面报告，仍无法制止施工。
5、监理企业利益与监理人员权益之间的矛盾
企业的本质是追逐利润，而个人的本性是逃避风险。监理企业与注册监理工程师之间利益不同，权力与责任不对等，注册监理工程师的执业形同“火中取栗”。
当工程中出现问题，尤其是业主违反建设程序时，监理企业为了维护与业主的关系，一般愿意采取睁一眼闭一眼的态度；而且即使发生严重后果，监理企业受到处罚是经济和行政的，对监理企业主（老板）而言不是致命的，只要承揽到工程，也可以采取挂靠、联合监理等方法，所以监理企业更愿意冒险，从风险中获益。
而监理工程师作为企业雇员，不得不以企业的态度为工作原则，在明知一旦发生事故就是灭顶之灾的情况下，只好怀着侥幸心理，在现实利益与职业生命之间博取微薄的收入。
6、监理工作要求与监理人员执业能力之间的矛盾
“三控”需要监理人员具备广泛而熟练的专业技能，实践经验是必不可少的，监理人员恰好缺乏这一点，最明显的是在造价控制方面，专业能力不足是导致业主“收权”的一个因素。
7、监理责任、权力、利益之间的矛盾
主要体现在两个方面：
（1）由于“三控”权力行使的不完整，造成了目前监理权力小、责任大，监理处境尴尬，而业主、施工单位自身的管理能力随着工程管理实践的深入而不断加强，监理人才流失严重。
（2）安全监理责任与监理自身权益之间的矛盾。如果说质量责任是基于业主的利益而由监理承担的话，安全责任更多地体现了社会利益，将两者不加区别，“捆绑”在一起压在监理身上，而且监理有责无权，是对监理利益的忽视，更加速了监理人才的流失。
8、监理目的与监理手段之间的矛盾
基于工程质量全过程管理的思路，建设部于2002年7月17日发布了《房屋建筑工程施工旁站监理管理办法（试行）》，推行旁站监理制度。
旁站监理，全称为房屋建筑工程施工旁站监理，是指监理人员在房屋建筑工程施工阶段监理中，对关键部位、关键工序的施工质量实施全过程现场跟班的监督活动。管理办法对房屋建筑工程关键部位、关键工序进行了规定。
但在管理办法中对旁站监理的具体方法规定不清，各方对旁站应该如何实施，监理应该如何承担责任存在争议，在具体实践中也存在诸多问题。
目前，施工队伍以农民工为主，他们专业技能差，整体素质低，旁站的目的在于通过深入到操作层的监理控制工程质量，但在实践中遇到下列难题：
(1)施工操作人员的技能要通过职业技术培训来提高，在施工现场由监理现场监督并不能直接提高其操作水平，也就不能提高工程质量，何况监理人员自身在这方面并不精通，旁站有名无实。
(2)一个旁站点的施工过程涉及多个质量控制点，旁站监理难以胜任。以混凝土浇筑为例，影响混凝土质量的环节包括混凝土拌制、运输、现场（垂直、水平）运输、浇筑、振捣等，任何一个环节发生问题都会影响到混凝土质量，那么旁站监理人员应该派多少人，应该站在哪里呢？
(3)旁站监理无法及时采取纠正措施。监理制度要求必须派监理员进行旁站，但并没有要求施工单位派质量管理人员旁站。
一般施工单位管理人员只是在现场办公室值班，以便处理突发事件，操作现场只有班组长进行带班作业。一旦监理认为操作不规范，无法也无权直接要求操作人员进行调整，旁站监理人员难以发挥作用。
9、对监理的社会需求与供给之间的矛盾
目前具备全国注册监理工程师资格的监理人员远远不能满足市场需要，一般在一个工程项目中只有总监或总代具备资格，大量只具备地方监理资格证书的从业人员按规定只能担任监理员，却从事专业监理工程师的工作。
而监理员岗位多由一些没有任何监理资格证书的大专院校毕业生或者退休人员担任，前者缺乏工程经验，后者缺乏必要的体力，这样不符合监理制度的有关要求，直接导致监理工作质量不高。
监理理论发展不能与时俱进，监理人才培养机制缺乏，使监理从业人员素质每况愈下，行业发展前景堪忧。
综上所述，虽然监理制度取自于FIDIC工程师制度，但无论从宏观的社会环境、工程建设市场环境、法律法规环境，还是监理自身的来源和能力，以及实际执业的状态，两者都存在着本质的区别。这种区别是市场的选择，不可能要求实践按照理论要求发展，而只能调整理论和制度来适应实践的需要，这是监理行业创新发展的必要性。
只有在理论上站住脚，并建立起合理的制度，才能从根本上改变监理工作“穷于应付”的被动局面，集中精力做好自己应该做好、能够做好、愿意做好的事。