以工程量清单计价为主、定额计价为辅确认工程价款
工程造价的核算依据，向来是发包方和承包方在司法纠纷中争执不下的矛盾焦点，实践中存在定额计价和工程量计价两种标准。所谓定额计价，是我国建国后沿用前苏联的计划经济体制做法，以定额为基础确定工程造价。工程造价人员根据施工设计图纸计算工程量，然后套取定额单价得出直接费用，再结合定额取费费率得出工程造价。其优点在于简单明了无争议，但却忽视了施工企业个体的实际技术和管理能力、材料采购渠道以及市场价格波动等重要因素的不同，在市场经济条件下不能适应建筑市场竞争的现实。考虑到建设工程定额标准是建设行政主管部门根据本地建设市场建安成本的平均值确定，包括完成单位工程量所消耗的劳动、材料和机械台班等的标准额度，其性质可归于政府指导价范畴，属于任意性规范，应允许双方当事人经协商订立与定额标准不一致的工程结算价格。而2001年建设部发布的《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第3条也规定，建筑工程施工发包与承包价在政府宏观调控下，由市场竞争形成;第12条同时规定，合同价可以固定价、可调价和成本加酬金的方式。因此，在建设工程施工合同款纠纷中，当事人对建设工程的计价标准或者计价方式有约定的，应首先按照约定结算工程价款。
同理，承包方因项目调整、设计变更要求增加工程造价的，如果要求调整的项目在原工程总报价说明范围以外而施工中确已发生的，对其诉请应予支持，具体价款仍应首先由双方协商确定。在双方不能达成一致的情况下，可参照建设工程施工合同签订当时的建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。但应注意的是，建设施工合同明确约定工程款实行包干的，包干范围内的工程款一次包定，当事人要求变更的，不应支持。
最后，在工程质量验收不合格的情况下，即使建设工程施工合同有效，工程价款的结算问题也应根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第3条的规定处理：在修复后验收合格的，承包人应承担修复费用;验收仍不合格，发包人不仅可以拒绝领受该工程，还可以不支付工程价款。这也是符合《合同法》中关于一般承揽合同的原则规定。