工程合同的风险主要来源于两大方面:一是合同条款中存在陷阱，在执行合同时，承包方或业主据此提出索赔或反索赔; 二是合同本身带来的风险，业主经常用较苛刻的合同条款把风险转移给承包方，或承包方为了取得工程承包权主动提出优惠的条件，造成风险承担上的不平衡。
1、 采用固定价格合同带来的风险项目经理圈子
固定价格合同，用于工期较短、较简单的工程。双方在专用条款中约定合同价款包含的风险范围和风险费用的计算方式，在约定风险范围内合同价款不再调整。这种合同形式，承包方承担了大部分的风险。业主较喜欢采用固定总价合同，因为在执行合同过程中，承包方索赔机会少，业主承担的风险相对较小，而且工程结算简单。一是价格风险，例如报价计算错误、漏报项目等。二是工程量风险，因做标期时间太短，投标单位无法具体计算工程量，只能凭经验估算，这是投标单位会处于两难境地。算高或算低都要承担相应的风险和亏损。
2、 合同条款标准不明确带来的风险
工程项目由于具有单件性、生产和技术复杂性，决定了工程合同的复杂性。合同中涉及许多标准和细节问题，例如工程质量，若在专用条款中对于“约定标准”没有做出明确具体的解释或缺乏可操作性， 承包方很轻易造成拆除重建的返工损失，反过来说， 建设方也可能会造成永久的质量问题，给以后的生产经营造成隐患。
3 、合同条款前后不一致所带来的风险
无论是工程前期的招投标、中间过程中的变更，还是工程的洽商，这些方面的书面协议和文件在合同文件中具有最高效力，而且签署在后的高于签署在前的。假如在整个工程合同的执行过程中，签署文件时出现了前后不一致的现象且不利于自己一方的条款，就会带来额外的损失。
4 、工程作业过程中设计变更带来的风险
在工程作业过程中，由于工程项目的工艺和技术的复杂性， 经常涉及到工作量及其他方面的变更。这些变更必须经工程师的书面同意，否则，承包方擅自变更，即使是合理的也要赔偿损失，且延误工期，更易导致业主的反索赔。
5、 工程款支付约定中的风险
工程价款的支付可分为四个阶段:工程预付款、工程进度款、最终结算款和保留金。在合同实施过程中，工程进度款的支付是甲乙双方矛盾存在的焦点，进度款的拖欠或提前支付都会给双方带来一定的风险。假如此条款不明确，对日后合同的实施，造成经济纠纷和困难。
工程合同治理中的风险防范与措施
在合同治理中进行风险分析的目的就是规避风险，降低企业的投资风险，减少风险损失。在合同的执行过程中,可根据分析的可能出现的风险，制定措施，进行针对性防范。
1、 做好合同签订前的招投标工作，完善专用条款
目前国家已实行工程量清单计价，新的计价模式给了企业发挥自身经营治理能力的舞台，同时也使其承担着一定的竞争风险。清单计价模式下存在的风险有:清单有漏项的风险;清单项目的特征存在描述不完整或不准确的风险;“综合单价”的确定必须考虑工程的实际情况。
由此可见企业若想降低清单计价模式下的投资潜在风险，必须分析在此种模式下施工合同履行期间可能碰到的问题进行认真研究，把《建设工程工程量清单计价规范》渗透于确定合同条款的过程之中，完善专用条款，增加合同的约束力。
2 、利用专用条款，避免工程结算时的风险
在合同的执行过程中，我们经常会碰到以下几个问题，影响工程结算。
1)工程量的变化。设计变更会直接影响工程数量的增减，改变了项目的内容，演变出新的清单项目，引起了合同价格的变化。
2)计费基数的变化。分部分项工程量的数量变化，引起措施费因计算基数的变化而改变。因为工程实体的数量与项目措施费用直接相关。分部分项工程量的数量变化和措施费的变化还会引起规费和税金的改变。
3)材料价格的变化。在工程合同履行期间，招标人自购材料价格发生变化，或投标人报价中的材料价格发生变化，或遇工程造价治理部门工布价格调整等。出现这些情况均会引起承包价格的变化，分析这些变化因素发生的可能性，制定相应的措施和解决办法，利用签订合同时，列入专用条款，加以约定“合同价款及调整”的变化范围、幅度以及调整的具体办法等，从而避免结算时的损失风险。
3 、加强索赔治理，把风险损失减少至最低。索赔源自合同，终于合同
在项目治理人员中树立索赔意识是非常重要的。在布满风险的投资市场中，索赔是企业保护自身利益的一种方式，这是业主方、监理工程师和承包方之间一项正常的且普遍存在的合同治理业务，是一种以法律和合同为依据的正当的权利要求。
合同条件对于索赔的重要性。索赔的证据:第一是合同，第二是书面证据，第三是双方的关系。合同条件对于索赔有更大的重要性，如事先无明确规定的则依情况酌情处理，这样会有可能给企业带来工期损失。
索赔的及时性。任何事件的索赔都应在索赔事件发生之时而不是之后向对方进行索赔。现在国际上普遍采用的FIDIC 合同对许多索赔的时效，都有具体的时间范围。例如对工期的索赔，索赔一方应在28天 内向对方或其代表提出书面的索赔请求，否则对方有权拒绝索赔要求。
索赔程序的合理性。当索赔事件发生时，当事人必须在28天内向监理工程师提出书面的索赔申请，当索赔申请被批准后，提出正式的索赔报告，并附有索赔资料、具体的索赔计算书。
索赔资料的完整性。只有当实际发生了经济损失或工期的延误，一方才能向另一方提出索赔。提出索赔申请必须有确凿的证据，索赔申请才能获得批准。所以工程治理人员必须注重原始资料的积累、汇总、分类、保管，以便在索赔事件发生时，提供完整的资料。
加强企业合同治理的措施与方法
我国的各行各业都已面向市场,竞争更加激烈，项目竞争价格中包含的利润逐渐减少，合同风险增大。市场竞争越激烈，要越重视合同和合同治理才能减少企业的投资风险。
1)建立企业的合同治理系统。作为建设单位，必须建立合同专门治理机构， 对合同实行系统治理，这个机构等同于企业三总室。各工程项目部也应设立专职合同治理人员，隶属于企业合同专门治理机构，将合同治理系统分为两级，即公司级和项目级。
2)制定企业的合同治理制度有了专门的合同治理体系，企业还必须建立一套完善的、可行的合同制度。包括合同的审查批准制度、合同使用登记制度、合同统计考查制度、合同信息治理制度。利用科学方法， 利用统计数字反馈合同的谈判成功率、合同的实际履行情况等，通过这些数据为企业决策降低投资风险提供可靠的依据。
3)做好合同签定时的治理，为履行合同打好基础。工程项目具有投资大、工期长、机构复杂，受环境影响大，不可预见因素多等特点。这就要求在签订工程合同时，内容完整、条款明确严密。合同的三要素是工期、质量、价格，在制定这三大目标值时要考虑合同签订后企业的履行能力的可行性，减少合同履行的风险系数。
实现规范化、制度化、标准化、信息华的合同治理必须以合同为主线，以合同为核心实行全过程全方位的治理。在合同签订时，每写一个条款都要想到将来的可操作性和有否非凡情况的产生; 合同当事人(甲方和乙方)都必须对合同文件是否齐全、内容是否全面、公平合理、条款是否完整、清楚准确、风险是否合理分担等方面进行全面审查。分析评价每一合同条款执行的法律后果和隐含的风险，针对性地采取保护措施。在合同的履行过程中，要严格按照合同条文执行和定期检查合同执行的情况，避免合同治理不善给企业带来的风险。