水利工程在建造的过程中，成本控制是最需要关注的问题。根据施工承包合同的类型和施工企业的管理水平，采取合适的施工成本控制措施，制定可行的控制标准，对施工过程进行记录，它涉及到人工、材料和施工机械的消耗量、施工工艺、现场管理、工作面情况、场地布置和施工准备等项目；也包括资源的数量、类别、人工和施工机械进退工作面的时间、休息或闲置时间，以及设备的保养、维护时间等内容。水利工程施工成本的控制应渗透在工程施工的各个阶段，具体措施有：
人工费控制。人工费一般占全部工程费用的10 %左右，作为施工企业，要制定出切实可行的劳动定额。要从用工数量上加以控制，有针对性地减少或缩短某些工序的工日消耗。力争做到实际结帐不突破定额单价的同时，提高工效，提高劳动生产率。还要加强工资的计划管理、提高出勤率和工时利用率，尤其要减少非生产用工和辅助用工，保证人工费不突破。
材料费的控制。材料费一般占全部工程费的65 %～75 %，要对材料用量、材料价格加以控制。要掌握材料的规格型号，严格计算材料的使用计划。严格制订材料进场验收制度，实行量方、点数、过磅，保证材料质量合格，不亏方短缺，保证其数量。在施工过程中，实行限额领料。施工完毕后，要做到“活干料净”。
机械费的控制。根据细化后的施工组织设计和调整后的单价分析，编制机械利用计划。在施工中，自有机械应加强保养，合理使用，外租机械合理安排，充分利用，减少停滞，保证机械设备高效运转。
加强质量管理。要严把工程质量关，质检人员要定点、定岗、定责、加强施工工序的质量监管，做到工程一次成型，一次合格，避免造成因不必要的人、财、物等大量的投入而加大工程成本。
加强合同管理。合同管理是施工企业管理的重要内容，也是降低工程成本，提高经济效益的有效途径。项目施工合同管理的时间范围应从合同谈判开始，至保修日结束止，特别是要加强施工过程中的合同管理，确保把合同落到实处。