笔者在看了自然部与水利部的三定方案中，对于水资源管理方面两部委的职责略作一分析，当然，分析只是本人个人意见，仅供参考：
1.水资源资产的所有人代表：自然资源部（依据自然资源部三定第一条：履行全民所有土地、矿产、森林、草原、湿地、水、海洋等自然资源资产所有者职责和所有国土空间用途管制职责）。
2.水资源专项调查监测评价工作：自然资源部为主，水利部协助。
依据：自然资源部自然资源调查监测司职责之一：拟订自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，建立自然资源定期调查监测评价制度。开展水、森林、草原、湿地资源和地理国情等专项调查监测评价工作。水利部水资源管理司职责之一：组织开展水资源调查、评价有关工作。
至于监测评价结果本人认为以自然资源部发布为主，水利部协助，因为自然部监测司承担自然资源调查监测评价成果的汇交、管理、维护、发布、共享和利用监督。
3.水资源的确权登记工作:自然资源部（依据：自然资源部自然资源确权登记局职责之一：拟订各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用的制度、标准、规范。承担指导监督全国自然资源和不动产确权登记工作。）
4.水资源资产的评估、核算和管理政策制定等：自然资源部（依据：自然资源部自然资源所有者权益司职责之一：拟订全民所有自然资源资产管理政策，建立全民所有自然资源资产统计制度，承担自然资源资产价值评估和资产核算工作。编制全民所有自然资源资产负债表，拟订相关考核标准）
5.水资源的有偿使用工作：自然资源部为主，水利部提供协助。（依据：自然资源部自然资源开发利用司职责之一：拟订自然资源资产有偿使用制度并监督实施，建立政府公示自然资源价格体系，组织开展自然资源分等定级价格评估。水利部水资源管理司职责之一：指导开展水资源有偿使用工作）
那么水资源有偿使用制度涉及了取水许可、审批核准工作，水利部水资源管理司仍承担组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，说明取水许可、审批核准工作仍由水利部负责。
6.水资源的开发利用：自然资源部、水利部共同承担。具体的自然资源部负责制定开发利用标准，开展评价考核，指导节约集约利用（依据：自然资源部自然资源开发利用司有此项职责）。水利部负责组织编制全国水资源战略规划，负责水资源论证工作，负责拟订节约用水政策，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度等（详情见水利部新三定方案）
7.职能转变中的相关论述分析：
自然资源部三定中对部职能转变提出：自然资源部要落实中央关于统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，进一步加强自然资源的保护和合理开发利用，建立健全源头保护和全过程修复治理相结合的工作机制，实现整体保护、系统修复、综合治理。创新激励约束并举的制度措施，推进自然资源节约集约利用。强化自然资源管理规则、标准、制度的约束性作用，推进自然资源确权登记和评估的便民高效。
水利部新三定中部职能转变提出：水利部应切实加强水资源合理利用、优化配置和节约保护。坚持节水优先，从增加供给转向更加重视需求管理，严格控制用水总量和提高用水效率。坚持保护优先，加强水资源、水域的管理保护，保障合理用水需求和水资源的可持续利用，为经济社会发展提供水安全保障。
从上述两个职能转变的论述看，自然资源部的宏观角色更强，水利部仅负责水资源的一些工作，说明今后自然资源部在水资源管理上可能主要从事法规政策制定、开发利用标准制定，保护政策规定制定，指导水资源节约利用等宏观工作，水利部具体负责水资源日常管理的一些具体工作。
但是，两部委的三定方案仍有许多职责不明晰的地方。因此，省以下机构改革中自然资源和水利两部门如何细化职责，细化工作责任有待观察。