1. 对合同、协议、招投标文件的审核
进行工程造价审计，首先应仔细研究合同、协议、招投标文件，确定工程价款的结算方式。
合同依据计价方式的不同，可分为总价合同、单价合同和成本加酬金合同。其中，总价合同又分为固定总价合同和调价总价合同；单价合同又分为估计工程量单价合同、纯单价合同和单价与包干混合式合同。先确定合同的计价类型，再仔细研究其中的调价条款，根据结算调价条款进行工程价款审计。
目前，许多工程合同签订后，甲乙双方都会签订补充协议。大多数的补充协议都会对合同的结算调价条款进行补充或更改，一般情况下施工单位会进一步让利，但也有个别工程建设单位会给出增加工程价款的条件，特别是政府投资工程。
2. 工程量的审核
重中之重：工程量的审核。施工单位一般会通过虚增工程量，重复计算工程量来增加造价。审减工程量是降低工程造价的基本手段。对工程量进行审计，首先要熟悉图纸，再根据工作细致程度的需要、时间的要求和审计人力资源情况，结合工程的大小、图纸的简繁选择审核方法。采用合理的审核方法不仅能达到事半功倍的效果，而且直接关系到审核的质量和效率。
工程量审计方法主要有以下几种：全面审核法、重点审核法、对比审核法、分组计算审核法、筛选法等。其各有不同的适用范围和优缺点，应根据具体情况科学选用。
一些图纸不明确的工程需要进行现场计量，审计人员则一定要到现场，按计量规则进行计量。对隐蔽工程可以通过查阅隐蔽工程验收记录来确定其真实情况。另外要特别重视施工组织设计，即技术标准在工程审计中的作用。部分施工内容如大型机械种类、型号、进退场费、土方的开挖方式、堆放地点、运距、排水措施、混凝土品种的采用及其浇筑方式，以及牵扯造价的措施方法等，可依据施工组织设计和技术资料做出判断。
3. 费用的审核
1）定额子目套用的审核是审计重点
施工单位一般会通过高套定额、重复套用定额、调整定额子目、补充定额子目来提高工程造价。
在审核套用预算单价时要注意以下几个问题：对直接套用定额单价的审核首先要注意采用的项目名称和内容与设计图纸的要求是否一致，如构件名称、断面形式、强度等级(砼或砂浆标号)、位置等；其次要注意工程项目是否重复套用，如块料面层下找平层、沥青卷材防水层、沥青隔气层下的冷底子油、预制构件中的铁件、属于建筑工程范畴的给排水设施等。在采用综合定额预算的项目中，这种现象尤为普遍，特别是项目工程与总包及分包有联系时，往往容易产生工程量的重复计算。各地的综合定额不一致，一定要注意。
对换算的定额单价的审核要注意换算内容是否允许换算，允许换算的内容是定额中的人工、材料或机械中的全部还是部分，换算的方法是否正确，采用的系数是否正确。
对补充定额单价的审核主要是检查编制的依据和方法是否正确，材料种类、含量、预算价格、人工工日含量、单价及机械台班种类、含量、台班单价是否科学合理
2）材料价格的审核是审计的重中之重
材料价格是影响工程总造价的敏感因素，亦是非常活跃的动态因素。材料价格是工程造价的重要组成部分，直接影响到工程造价的高低。原则上应根据合同约定方法，再结合甲方现场签证确定材料价格。合同约定不予调整的，审计时不应调整；合同约定按施工期间信息价格调整的，可以根据施工日记及施工技术材料确定具体的施工期间及各种材料的具体使用期间：有些工程工期较长，或有阶段性停工的，可根据各种材料的使用时期采用使用期间的平均信息价，这样比较贴近工程真实造价。
对于信息价中没有发布的或甲方没有签证的材料价格，需要平时对材料价格的收集积累，必要时可以三方一起进行市场考察确定。随着社会的发展，新材料新工艺的应用，建材市场上出现很多新材料，特别是装潢材料，施工单位一般申报价格较高，应重视市场调查。
3）费用的审核是审计的最后关口
取费应根据工程造价管理部门颁发的定额、文件及规定，结合工程相关文件(合同、招标投标书等)来确定费率。审核时应注意取费文件的时效性、执行的取费表是否与工程性质相符、费率计算是否正确、人工费及材料价差调整是否符合文件规定等等。
如计算时的取费基数是否正确，是以人工费为基础还是以直接费为基础，对于费率下浮或总价下浮的工程，在结算时特别要增加造价部分是否同比例下浮等，另外在计算下浮时要注意把甲方供材扣除。
4. 签证的审核
签证的审核是审计成功的保障。不少施工单位采取低价获取工程，然后通过施工过程中增加签证来达到获利的目的。大多数工程的最终结算价都比合同价款高出很多．有的甚至成倍增长，原因固然是多样的，但签证是施工单位增加造价最重要最常用的工具。
审核签证的合法性、有效性。一是看手续是否符合程序要求、签字是否齐全有效，例如索赔是否在规定的时间内提出，证明材料是否具有足够的证明力。二是看其内容是否真实合理，费用是否应该由甲方承担。有些签证虽然程序合法、手续齐全，但究其内容并不合理，违背合同协议条款，对于此类签证不应按其结算费用。例如雨水排水费用、施工单位为确保工程质量的措施费用等。三是复核计算方法是否正确、工程量是否正确属实、单价的采用是否合理。例如对索赔项目的计算要注意在计算闲置费时，机械费不能按机械台班单价乘闲置天数，而只能计算机械闲置损失或租赁费等。对签证的复核审计是一项费时费力的工作，审计人员只有掌握较为全面的工程施工技术、预决算技术和现场管理知识，才能轻松面对，确保审计成功。
5. 财务及形成固定资产审核
工程决算审计主要是合法性审核、合规性审核、符合性审核。
合同的签订、招投标管理、监理制实施都属于合法性审核；建设部门、规划部门、环境部门、人防易地等批复的文件是否齐全属于合规性审核；财务管理及会计核算情况审核与工程形成固定资产情况都属于符合性审核。
财务及形成固定资产审核主要包括：项目资金的来源情况、投资完成及交付使用资产情况、待摊投资费用财务管理及会计核算情况。该项目财务管理及会计核算是否执行基本建设财务管理及会计制度的规定。会计帐簿、科目及账户的设置是否符合基建会计制度的要求，会计凭证及各种原始凭证附件是否齐全，记录是否完整，能不能反映工程的实际投资。实际上，有时候财务状况更能发现项目的工程状况。
结算审计考核的是执行人员扎实的结算审计基本功，良好的沟通能力和项目管理能力，并要求相关人员在工作过程中秉持认真、严谨、负责任的态度，出色完成委托方的结算咨询任务。