清单计价的基本方法是在统一的工程量计算规则基础上，制定工程量清单项目设置规则，根据具体工程的施工图纸计算出各个清单顶目的工程量，再根据获得的工程造价信息和经验数据计算得到各清单价格和费用，最终汇总形成工程造价。其中，清单计价模式的核心工作主要分为三项：工程计量、工程计价和工程取费，以下从这三个方面对造价管理中清单计价模式存在的问题进行分析。
一、造价管理中工程计量存在的问题
清单计价模式下反映工程计量的主要文件是工程量清单，是表现拟建工程的分部分项工程项目、措施项目、其他项目名称和数量的明细清单，是承发包双方对于工程实体数量、价款支付的统一认证，其准确与否对工程价格科学合理形成产生重大影响。目前，工程计量过程存在较多问题，计最结果准确性仍得不到保障，由工程量引起的纠纷普遍存在于工程市场交易过程中。
1 工程计量规范中部分规则不利于合理计量
我国清单项目计量规则借鉴国外清单计价体系计量规范的同时部分沿用了预算定额的计量方法。但在部分项目上出现了国外清单计量方法与我国计价定额计量方法的冲突，具体表现为不同专业的相同或类似的项目的计量规则、计量单位不同，甚至同一分项工程在不同专业下的计量方法不同，导致了清单计量过程复杂、易混淆，增加了工程计量出错的概率。
同时，清单顶目划分存在同一专业项目按构件、尺水、部位等划分，导致同类项目被人为拆分成多个名称不同、实质内容相同或类似的项目的情况，计量和计价过程与工程生产实际不符，有违市场经济体制下价格形成规律。
2 清单编制主体对清单规范的理解不足
工程价格形成中，工程量清单的编制主体主要有两类：一类是业主，另一类是由业主委托造价咨询机构。从企业的角度来讲，咨询行业内缺少有效竟争机制以及配套措施来提升和保障造价咨询服务水平，也使业主难以筛选适合的咨询企业，获得优质的造价咨询服务。
从从业人员角度来讲，计量作为工程价格形成前的基础工作，参与计量的人员往往缺少丰富的工程经验，甚至对清单计价模式和相关规范的学习和理解不足，容易在计量这样基础但影响深远的环节出现疏漏，造成后期承发包双方关于工程量的纠纷。
二、造价管理中工程计价存在的问题
随着我国工程造价管理市场化不断推进，清单计价模式已经成为当前我国工程价格形成的主要模式。然而在使用过程中清单计价模式的主要作用——“企业自主报价，市场形成价格”尚未完全实现，清单计价模式下的计价过程仍然存在许多问题，如企业内部价格体系未形成、清单计价实质仍是定额计价等。
1 工程计价过程过于依赖政府编制的计价定额
政府相关造价管理部门发布的计价定额应代表社会平均消耗量水平，作为政府调节和管理建筑工程交易和价格形成的参考依据。而建筑业和造价管理的市场化改革，是鼓励企业在清单计价模式下根据自身工程经验测定消耗量，结合企业管理水平和市场要素价格进行自由组价，鼓励企业通过技术改进来争取低于社会平均消耗水平的企业个别成本以创造更多盈利。
然而在现阶段计价过程中，多数企业和计价人员对政府发布的计价定额存在依赖心理，仍习惯以政府发布的计价定额作为价格形成的权威数据。这样做一则可以免去计价人员应确保消耗量准确的责任，另一则也可以减少企业在自身价格体系建立上的投入。
同时，计价依据的选择较为单一也是工程价格难以市场化形成的原因之一。除政府相关造价管理部门外的其他社会部门、企业、研究机构没有直接面向市场和企业提供测定和发布计价依据的服务，建设工程计价依据的多样性不足。
2 由市场决定的工程价格选择体系中的要素价格市场未完全放开
目前，市场上出现的要素价格文件按其发布者主要分为两类，一类是政府的造价相关部门，如造价站；另一类是社会企业，如造价软件公司、造价信息公司等。其中，政府造价相关部门发布的要素价格信息多用于政府投资项目，其他资金来源项目可以选择使用；由社会企业发布的要素价格信息主要用于其他来源资金项目，由承发包双方在合问中约定。
据调查，企业获得要素价格的不同途径中，最主要的途径是查看政府发布的造价信息。政府发布的造价信息的使用范围不仅仅是政府投资项目，在其他资金来源的项目中使用也占有主要地位，那么市场上由其他机构发布的要素价格信息在竞争中则处于劣势地位。
3 承发包双方对工程交易中合约精神理解和尊重不足
清单计价模式实践的主要目标是鼓励企业自主形成价格，利用市场经济下的供求、价格和竟争机制实现建筑业资源的合理有效配置。在企业自主报价的交易环境下，为了使工程交易双方能够遵守市场交易秩序，政府对市场的监管可以从一定程度上规范企业行为，而规范交易双方行为最主要的方式是工程合约机制。
理论上讲，承发包双方在工程建设过程中应严格执行双方签订合同中的条款，但是在合同实际履行中，部分合同条款的执行受到了多方面的阻碍，这些阻碍可能来自于建筑交易过程中双方地位的不对等、承发包双方的合同管理能力的差异、合同条款设置不合理等情况。而这会导致建筑交易市场的不公平竞争，交易中自由形成的价格无法得到保障，交易双方利益受损等问题，进而影响到清单计价模式下企业自主报价的合理性，以及建筑业市场配置资源的有效性和合理性。
三、造价管理中工程取费存在的问题
工程取费这里主要指措施费，是指为完成工程项目施工，发生于该工程施工前和施工过程中非工程实体项目的费用，包括技术措施费和组织措施费，在措施项目的设置和估算上基于企业不同情况有较大的灵活性和差别性，也是体现企业竞争力、影响企业最终能否中标的重要因素之。现行的清单计价模式下工程取费主要问题在于措施费计取不客观和措施费的列项范围难以满足业主在工程措施中其他需求。
1 工程措施费计算与实际脱节
清单计价模式下的工程措施费的计取与施工方案、施工组织设计脱节，部分措施项目费计算是以取费基数*费率。这类计算方式使本应根据企业施工技术、管理水平计算的措施费不够客观，难以反映企业真实能力以及竞争性费用的特点，不利于措施费的计量与检查。
2 清单计价规范对于措施项目的设置不够全面
我国清单规范中列出的“措施项目一览表”未将工程中可能发生的所有措施考虑，可能给编制人员措施费需按照规范计取带来误导，而忽略了其他可能发生的措施费。另一方面，由于清单计价模式在措施项目设置时无法预见不同工程、不同业主的具体需求，规范中列出的措施项目也难以全面反映业主对承包商的各项服务要求。