1招投标阶段
招投标阶段是确定工程造价的主要阶段，跟踪审计在此阶段的作用更为突出，期间跟踪审计应完成下列内容:1)监督整个招投标过程是否合理合法;2)审查招标文件的完整性、公正性、有效性;3)审查工程量清单是否完整准确，标的或限价是否合理;4)对中标预算进行分析评估，对于施工单位在中标预算中的不合理报价进行预警，在合同中以相关条文降低不合理报价对于工程总价影响的风险;5)审查合同条款是否齐全，合同双方的权利义务是否明确，合同内容是否合理、合法、公平、公正。此阶段跟踪审计的工作可以有效减少施工阶段的工程纠纷，避免建设方在施工过程中由于施工方不合理报价所造成的相关损失。
2施工阶段
施工阶段是建设工程投资发生的具体阶段，在此阶段跟踪审计的主要工作内容有:1)审查合同双方是否依照合同约定履行权利和义务;2)审查施工过程中的变更、签证的必要性、真实性、合理性;3)审查施工过程中各款项的拨付数量与到位情况;4)检查施工单位的投标承诺的履行情况。跟踪审计在施工阶段可以有效的控制变更，降低工程变更签证影响工程造价的风险。
3验收结算阶段
验收结算阶段是建设工程实施的最后阶段，是确定项目最终造价的阶段，跟踪审计在此分为工程结算审计和财务审计两部分，在此阶段跟踪审计的主要工作内容有:1)检查合同的完成情况;2)检查工程竣工以及相关资料的完成情况;3)进行工程竣工结算;4)进行建设工程财务资金的管理审计。跟踪审计在此阶段的工作基本与一般竣工审计一致，但由于跟踪审计的全过程参与，使得审计结果更加合理公平。
4跟踪审计的优点
建设工程跟踪审计作为工程审计的一种创新手段，在工程实践中已越来越彰显出其优越性以及广阔的应用前景，具体有以下几个方面。
4.1将事后审计与过程审计相结合
与传统的事后审计相比跟踪审计更注重于过程的管理监督，建设工程管理主体缺乏工程相关专业的知识，在项目管理时大多采用经验模式的行政管理手段，经常出现决策失误从而导致经济受损，跟踪审计从过程入手，在源头上审查建设工程管理的正确性、合理性，杜绝此类问题的发生。例如很多隐蔽工程变更签证由于项目管理人员的相关知识匮乏，造成工程签证的误签、错签或者是签证重复，在传统的事后审计的模式下，又因为签证的内容记录不详，很难判断其内容的正确性、真实性。跟踪审计的及时深入现场，可以在隐蔽工程隐蔽前做好相关记录取证，掌握各种有效的工程信息，减少建设方与施工方的矛盾，为后期签证的审核结算打好基础。
4.2将审计工作从静态向动态转化
传统审计模式都是在工程竣工后集中进行一次工程竣工结算审计，此时审计单位要在短时间内处理整个施工过程中发生的大量签证变更，跟踪审计的全过程参与可以在工程中分阶段的进行动态审计，缓解短时间内处理大量数据的压力，同时跟踪审计将被动的接受工程签证变为主动的记录工程签证，可以分析工程签证发生的关联因素使得审计思路更加清晰，动态地监督工程的全过程。
4.3促进建设工程管理体系的完善
建设方一般将项目管理和监督寄希望于监理单位，但监理单位的工作重点都是工程质量和进度管理，对建设工程的成本核算、资金控制、材料采购等环节很少顾及，造成建设工程管理的薄弱环节。跟踪审计的参与可以提高建设方对于成本核算、资金控制等的管理水平，使整个建设工程管理体系更加完善。
5跟踪审计的局限性
建设工程跟踪审计具有很多的优点，但在工程实际操作中也不可避免的反映出很多不足，具体有以下几个方面。
5.1跟踪审计的力量有限，审计风险加大
跟踪审计的全过程参与要求跟踪审计熟悉工程各阶段的工作，需要充足的审计力量以满足跟踪审计内容的广泛性与大量性。然而，目前在审计力量有限的情况下，面对繁重的审计任务，对审计人员的专业技术水平和专业知识范围提出了相当高的要求，如不具备相当的水平，跟踪审计最终只会流于形式。同时在长期的跟踪审计过程中，对审计人员的自身素质要有严格的要求，否则将会造成审计风险的增大。因此提升审计人员能力，合理配置审计资源是影响跟踪审计效果，降低审计风险的重要因素。
5.2跟踪审计的介入时间模糊，效果不明显
建设工程跟踪审计与传统的结算审计最重要的区别就是将审计工作渗透到建设工程决策阶段，而跟踪审计的介入时间没有一个明确的规定，从理论上来说跟踪审计的介入越早越好，但目前大多跟踪审计只是在建设工程决策后的一个审查，并不能影响决策的结果。造成这种情况主要有两方面的原因，一方面审计人员的专业知识范围较窄，无法胜任决策审计的重任，另一方面是由于建设方对于跟踪审计的重视程度不够，认为审计工作只是竣工结算。由于以上两个原因造成跟踪审计并不能参与建设工程决策的环节，造成跟踪审计的效果有限。
5.3跟踪审计的深度难以把握
跟踪审计需要审计人员在项目建设过程中频繁的介入审计，提出审计建议，供建设单位纠正和改进工作，这很容易使审计人员偏离监督咨询建议的目标，直接代理建设工程管理的职能范围中，比如现场签证问题，国家明确了建设单位、监理单位的具体职责和操作规范，而实际工作中，都要审计人员表态后才进行办理，这样很容易造成各方利益冲突，破坏建设工程管理的权利制衡机制。
6结语
跟踪审计具有提高建设工程管理水平和效益的特点，有效避免了传统竣工审计出现的虽然查出问题但是已成事实，纠正难度大的情况发生，因此从其诞生开始就得到了社会的普遍好评。从实践效果分析，跟踪审计在监督资金使用情况，防止资源浪费方面取得了显著成效，突出了审计部门的“免疫功能”，从源头上提高了建设工程的管理水平。但是由于其对跟踪审计人员的专业水平以及知识范围的要求，使得跟踪审计工作也同样存在很多问题，容易使得跟踪审计流于形式，因此只有提高审计人员能力，才能整体提高跟踪审计效果。