1、两者依据不同
竣工决算审计依据《审计法》和审计署发《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，基建审计内容为（1）竣工决算编制依据；（2）项目建设及概（预）算执行情况；（3）建设成本；（4）交付使用资产；（5）尾工工程；（6）结余资金；（7）基建收人；（8）投资包干结余；（9）投资效益评价。
主要根据国家的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查概（预）算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金；隐瞒或截留基建收人和投资包干结余、以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等等。
工程造价审计主要是根据国家有关法规和政策，依据国家建设行政主管部门颁发的工程定额工料消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，工程造价的确认和控制进行有效的监督检查。在工程项目实施阶段，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证的情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，它是承发包双方结算的依据，也是工程决算的基础资料和依据。
2、两者标的不同
审计以基建项目为标，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘察设计、施工实施的一切财务收支；工程造价审核以单位工种为标的，只对单位工程造价的合理负责。
3、两者从业人员不同
审计与工程造价审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程造价审核以工程经济和工程技术人员为主。目前国家正在实行注册造价工程师制度，今后的工程造价审核，将以造价工程师为主。
4、两者法律效力不同
审计机关和被审计单位是一种审计行政法律关系，审计机关的审计监督只对被审计单位产生法律效力，对其它单位不产生连带法律约束力。凡对建设单位投资项目进行的审计结果，对施工单位的造价结算不具有约束力。
工程造价中的工程结算审核，以施工承包合同为基础。以承发包双方发生的实物交易为依据，按照国家或地方施工工、料、机消耗标准进行核算，对双方有约束力。其工程结算审核结果可作为双方结算的法律依据。
5、两者的目的不同
审计定义为：由独立的机构和人员检查被审计单位的会计凭证、会计帐本、会计报表以及其他与财政收支、财务收支有关资料和资产，监督财政收支、财务收支是否真实、合法和有效的行为。审计的目的是加强对公有制投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金于小金库，造成建设资金流失，实施违法违规行为。其职能是一种监督行为。
工程造价审核是运用科学、技术原理和经济法律手段，解决工程建设活动中工程造价的确定与控制。从而达到提高投资效益的经济效益目的的行为，是确定造价的实施过程和行为。
综上所述，根据项目审计与工程造价审核在依据、标的、目的、法律效力、从业人员等方面是有本质区别。