为了规范工程造价中介组织行为，保障其依法进行经营活动，维护建设市场的经济秩序，确保国家经济建设的顺利进行，建设部和各省、市都相继颁发了《工程造价咨询单位资质管理办法》，不少省、市还以省、市长令颁发了《建设工程造价管理暂行规定》，逐步将工程造价管理纳入依法管理的轨道。但在实施过程中，还存在工程造价咨询与审计的职能、执业范围、行业性质、政策法规理解和执行相悖的矛盾。因此阐明政策法规，规范审计行为，已经成为当前亟待探讨解决的重要议题。
《建筑法》第十四条规定，从事建筑活动的专业技术人员，应当依法取得相应的执业资格证书，并在执业资格证书许可的范围内从事建筑活动。根据各省、市颁发的有关工程造价咨询单位资质的管理办法，一切工程造价咨询中介机构（含各级审计事务所），均须向各级建设行政主管部门申办并经批准取得工程造价咨询单位资质证书，方能根据批准的资质等级在规定的从业范围内从事工程造价咨询和工程结算审核。但有的审计机关认为审计部门根据《审计法》必须对建设项目的工程预、决算实行审计，而工程结算是竣工决算的组成部分，他们不须持证，只须凭审计职能就可直接对工程结算进行审核。
审计部门（各级审计局）可否执业工程结算审核呢？要准确阐明这个问题，必须先谈谈项目竣工决算审计与工程结算审核的区别：
两者依据不同。竣工决算审计依据《审计法》和审计署颁布的《基本建设竣工决算审计工作要求》进行，其审计内容为：(1)竣工决算编制依据；(2)项目建设及概（预）算执行情况；(3)建设成本；(4)交付使用资产；(5)尾工工程；(6)结余资金；(7)基建收入；(8)投资包干结余；(9)投资效益评价。主要根据国家的审计法和相关规定，对建设项目竣工决算进行审计，主要审查预（概）算在执行中是否超支，超支原因，有无隐匿资金、隐瞒或截留基建收入和投资包干结余，以及以投资包干结余名义分基建投资之类的违纪行为等。工程结算审核，主要依据国家建设行政主管部门颁发的预算定额、工程消耗标准、取费标准以及人工、材料、机械台班价格参数、设计图纸和工程实物量，以承包合同为基础，在竣工验收后结合施工变更、工程签证情况，作出符合施工实际的竣工造价审查结果，作为承发包双方结算的依据。
两者标的不同。审计以基建项目为标的，包括资金来源、基建计划、前期工程、征用土地、勘探设计、施工实施的一切财务收支。工程结算审核以单位工程为标的，只对单位工程造价的合理合规负责。
两者从业人员不同。审计与工程造价审核是两个截然不同的专业学科，审计以会计师、审计师为主；而工程造价审核以工程经济和工程技术人员为主。目前国家正在实行注册造价工程师制度，今后的工程造价审核，将以造价工程师为主。以会计师、审计师来从事工程结算审核，就像要会计人员来建房子一样隔行如隔山。闻名全国的湖北武穴审计事务所审计工程结算严重高估冒算事件（中央电视台《焦点访谈》播放），除了该所审计人员受贿不公以外，还有一条，他们推卸责任的理由是不懂工程造价专业。
两者法律效力不同。审计机关和被审计单位是一种审计行政法律关系，审计机关的审计监督只对被审计单位产生法律效力，对其他单位不产生连带法律约束力。凡对建设单位投资项目进行的审计结果，对施工单位的造价结算不具有约束力。如某县建筑公司承包某县人民银行的办公楼工程，工程竣工结算经县建行审定为280余万元，双方没有异议。不久，该县审计局对该工程造价决算进行审计，结论是：建设银行审定的工程造价多计24万余元，应予审减。人民银行以执行审计局决定为由，从应付建筑公司的工程款中扣除了多计工程款24万余元。建筑公司向法院提出诉讼。法院经审理判决人民银行归回扣除的工程款24万余元。本案涉及到的关键问题是合同关系的一方当事人有无权利依据审计决定自行扣留合同款项。一、人民银行和建筑公司在建筑工程承包合同这一关系中，其地位是平等的，双方享有的权利和承担的义务应以合同为依据进行判定。二、审计机关的审计监督行为只对被审计单位产生法律约束力，对其他单位并不产生法律约束力。由于建筑公司不是审计对象，故并不存在对审计决定有执行的义务。工程结算审核，以施工承包合同为基础，以承发包双方发生的实物交易为依据，按照国家或地方施工的有关消耗标准进行核算，对双方均有约束力，其工程结算审核结果可作为双方结算的法律依据。
两者的目的不同。审计定义为：由独立的机构和人员检查被审计单位的会计凭证、会计帐本、会计报表以及其他与财政收支、财务收支有关的资料和资产，监督财政收支、财务收支是否真实、合法和有效。审计的目的是加强对公有制投资者资金进行有效的控制，减少投资者滥用职权截留资金，转移资金于小金库，造成建设资金流失。其职能是一种监督行为。工程结算审核是运用科学、技术原理和经济法律手段，解决工程建设活动中工程造价的确定与控制，从而达到提高投资效益和经济效益的目的。
综上所述，根据项目审计与工程结算审核在依据、标的、目的、法律效力、从业人员的本质区别，其一为监督、一为实施的职能已十分清楚，就像检查院与法院，一主监督，一主实施，检察院只能起诉，不能代替法院实施判决一样，职责十分明确。
众所周知，审计的服务是不收费的，因为审计是审财政收支、财务收支的违纪违规行为，审计出的违纪违规款额是要收缴国库或处罚款的。如施工单位送审的工程结算未经造价咨询机构审核，直接由审计部门审核，这不是要将核减下的本属业主的不应付的工程款罚没上缴国库吗？这又如何行得通呢？
工程造价管理是一项政策性、技术性很强、法律关系十分复杂的工作，是由立法、执法、咨询、监督、仲裁等方面构成的完整体系，涉及各系统的综合协调。其管理分工，结算阶段工作由工程造价咨询机构负责，协调和仲裁由各级造价站负责；项目建设全过程收支及竣工决算由审计机关负责审计监督。
为了适应社会主义市场经济发展的需要，建设市场正逐渐向规范化、法制化转变，工程造价咨询也逐渐向社会化过渡，应通过具备执业条件的中介咨询机构来实施，不能再由具有行政职能的机构来实施，而只能由它们来监督其实施。