多项目管理区别于单项目管理的关键在于我们更关心的是所有项目目标的实现。多项目管理是一种有效利用企业资源、确保企业所有项目目标均能实现的科学管理方法。除了要解决好单个项目管理固有的各种问题外，还应着重解决多个项目同时进行集中管理而引发的新矛盾，而在资源有限的情况下，这种矛盾表现得更加突出。这些新的矛盾包括项目组织或项目经理与职能(业务)部门或部门经理之间的矛盾，各项目之间为争夺资源而引发的冲突，以及同时对多个项目实施管理带来的发现问题、解决问题的实时性及有效性下降等突出问题。
结合中国空间技术研究院及总装环境工程部项目管理的现状，对于多项目管理过程中常见的组织冲突问题，或者是项目经理(负责人)与职能经理(或业务部门负责人)之间的矛盾问题，有必要进行研究并提出针对性的解决措施，从而在实际工作中对多项目管理提供指导。
一、存在的问题
当我们接到新的型号任务后，将选择一位项目负责人作为项目经理，接下来还要从各个部门中抽调人员及其它资源为项目工作，这时除了固有的“刚性” 组织(职能部门或业务部门)外，又诞生了一个“柔性” 组织(项目团队)。
在空间技术研究院，对于项目管理的组织形式是矩阵式管理，对于上述两种组织的表现形式在空间技术研究院就是项目办与工程部或厂所的关系，而在总装与环境工程部内的表现形式就是项目组和各机关或研究室的关系。
从行政关系上来说，项目组织或项目经理与职能(业务)部门或部门经理处于同一地位，同时领导着项目和参与项目的成员;从管理角度来说，便出现了“双重领导” 的现象，必然导致两个组织在涉及到项目优先次序、资源配备(包括人员、资金、设备、场地)等问题上出现冲突。
二、解决措施
1.明确项目组织或项目经理与职能(业务)部门的职责
矩阵型组织中，项目组织或项目经理是企业与用户之间的媒介，职责是确定做什么(工作内容、何时完成、进度计划)、多少费用(预算)、需要什么资源等问题，以实现项目目标、使用户满意，同时组建项目团队。他应做好工作分解结构(WBS)，制定进度计划及预算，为相关职能(业务)部门划分具体工作任务、工作界面和预算，并监控项目有关部门执行情况，确保项目目标完成。
职能(业务)部门或部门经理的职责是决定如何完成好项目经理分配给本部门的任务，并确定每项任务由谁负责。在组织结构中，每个部门经理要在技术上指导和领导项目中的本部门工作人员，同时有责任确保该部门承担的所有任务都能在给定的时间和预算范围内按照项目的质量及技术要求完成。部门经理也一定要对其部门内人员的工作任务保持监控，并根据各个项目情况的变化，如进度拖延或任务变更等进行重新配置人员。如果项目进度落后，无法按用户要求日期完成，使项目陷入困境，部门经理可以同项目经理协商，从正常工作的一些项目中调派人员补充到这些项目中去。同样，作为仪器、设备、场地等资源管理的职能部门，也要根据项目的具体情况综合调配资源。也就是说，职能(业务)部门(或部门经理)应该加强综合管理。
2.明确项目组织或经理与职能(业务)部门或经理的权责
跨部门的项目活动由项目组织或项目经理负责，职能(业务)部门内的项目活动由部门经理负责。项目经理负责对职能部门(业务部门)及主要项目人员的激励及绩效评估，部门经理负责对部门内项目参与成员的激励及绩效评估。项目间的资源调配由相应的职能部门(业务)经理负责。若项目组织或项目经理对各部门的权责划分清晰、合理，而某部门未按要求完成相关的项目目标，则责任在部门或部门经理，反之责任在项目经理。
3.建立有效授权体系并合理授权
建立有效的授权体系对于顺利实施多项目管理来说是非常重要的一项内容，管理者(项目经理及部门经理)应该在对企业实际情况的详细研究基础上，根据授权的原则制定授权标准。
项目经理与职能经理必须有效授权，这样的授权既包括给项目成员分配任务，也包括给予项目成员完成工作目标的责任及相应的决策权。通过充分有效的授权，项目成员就可以在职责范围内按自己的方法来实现项目目标，有效缓解了事事需由项目经理及职能经理决策而导致两者发生矛盾冲突的现象。
项目经理与部门经理对项目成员授权时应把握以下原则：
一是根据项目目标及WBS 内容进行授权，做到职责与权利匹配，如对各个项目的检验负责人与质量负责人应赋予不同的权利。
二是根据项目风险程度授权。项目风险大或者某个成员承担的工作是整个(或多个)项目的关键路径(或关键作业)时，授权力度应小，反之可以适当加大授权。
三是根据具体活动对项目目标的影响程度授权。
四是根据项目成员授权。不同的项目成员有不同的能力及知识水平，对于那些能力强、经验丰富的项目成员，可赋予足够的权限，以便使其充分发挥自己的创造性。反之，项目团队中知识水平及经验相对欠缺的成员，则授权力度应相应减小。
4.重大问题的解决
当项目与职能(业务)两个组织的冲突难以解决时，空间技术研究院(或总装与环境工程部)主管项目的副职或项目综合管理部门则必须加以协调并进行决策。
主管项目的副职作为项目组织或项目经理的汇报对象，也是职能(业务)部门或部门经理的行政领导，在矩阵组织中的角色十分重要，因为主管项目的副职有权决定项目是否进行，有权决定某个项目相对于其它项目所能获得的支持程度。当对某个项目的重要性存在分歧的时候，主管项目的副职所作决定的重要性就更加明显。如果主管项目的副职不认同一个项目的重要性，他们就会把资源分配到更有价值的项目中去。没有主管项目的副职，项目可能陷入“停停走走” 的运行困境，最终导致生产能力降低和士气低落。因此主管项目的副职必须跟上自己部门内所进行项目的进展节奏，重点关注部门里项目的里程碑节点和关键过程，其上传下达的政令非常重要。在多项目管理的实际过程中，尤其需要主管项目的副职解决组织内多个项目间在重要次序上的冲突，并对冲突进行仲裁。
当然，项目组织或项目经理与职能(业务)部门或部门经理之间的冲突种类较多，不可能事事均需主管项目的副职出面进行裁决，这里必须有一个“项目综合管理部门”。这里的“项目综合管理部门” 应该是一个项目的综合管理机构，项目经理应该是“项目综合管理部门”的成员并直接接受“项目综合管理部门” 负责人的领导。
“项目综合管理部门” 的职责应该包括以下内容：
(1)开发、维护项目管理标准、方法和程序。例如选择和维护项目计划的方法，制定项目管理的有关规定，搜集与整理项目管理的经验与教训，为工期与费用的预测提供咨询以及创建适用的项目管理信息系统。
(2)提供合格的项目经理。包括对项目经理的培训及绩效评价，并对项目经理的工作提供具体的支持，根据项目的具体情况安排适合的项目经理，甚至对不合格( 或不适合某个项目) 的项目经理进行调整。
(3)进行项目的评价和综合平衡。这种平衡有别于多项目管理间的平衡，它是对组织中所有项目经理负责的全部项目的平衡，是对整个企业全部资源的平衡，它可以对项目的优先级提供建议并进行决策，对跨项目的资源分配提出建议，同时对多个项目进行绩效评价。
(4)“项目综合管理部门” 可以代表主管项目的副职行使其日常管理权利。这里“项目管理部门” 既是项目经理的领导机构，也是职能(业务)部门或经理的业务指导部门，它可以通过内部设置的项目综合平衡小组、项目风险评估小组、部门绩效评估小组等机构来科学地缓解与仲裁项目组织或经理与职能(业务)部门或经理间的冲突，也可以跟踪分析各种问题，为主管项目的副职进行最终仲裁提供依据。