施工合同风险的客观存在是由其合同特殊性、合同履行的长期性、多样性、复杂性以及建筑工程的特点而决定的。建筑工程施工通常周期长，执行合同期长；工程的庞大复杂决定了投入的人力、物力、财力较多，风险加大；施工合同涉及的面很广，除了发承包双方还有地方政府主管部门及第三方利益等，因而施工合同潜在高风险。因此，尽可能有效地防范和控制施工合同的风险，防止企业利益受损是每个施工企业都应十分重视的问题。
如何加强防范和控制施工合同风险，主要是在施工合同形成、谈判与正式签定合同和合同履行过程中。
一、参与投标取得合同阶段的风险防范
要加强对项目合法性的审查、合同项目发包主体的审查。投标前要深入了解业主的资金信用、经营作风和签订合同应当具备的相应条件。了解的主要内容应包括有关设计的施工图，是否有计划部门立项文件、土地、规划、建设许可手续，应拆迁是否已到位，“三通一平”工作是否已到位等。从侧面调查了解业主资信情况，特别是该工程的资金到位率，如果是房地产开发单位最好应充分了解其以往工程招标签订的合同条款。在投标过程中，对招标文件深入研究和全面分析，正确理解招标文件，具体地逐条地确定合同责任，吃透业主意图和要求，全面分析投标人须知，详细勘察施工现场实地，仔细研究审查图纸，认真复核工程量，并与项目经理部认真确定各个子项的单价和各项技术措施费用并制定投标策略，以减少合同签订后的风险。
有时业主会在未发中标通知书之前，提供条件苛刻的非示范文本合同草案，要求施工企业无条件全部接受，其合同条款往往把相当一部分风险转嫁给施工单位、缺乏对业主的权利限制性条款和对承包商保护性条款。由于此时施工企业所处的境地十分被动，因此要尽可能地了解各方面的可靠信息，坚持原则，运用政策法规尽可能修改完善，规避风险。
二、合同谈判及签约阶段的风险防范
在取得合同资格后，应把主要精力转入到合同谈判签约阶段，其主要工作是对合同文本进行审查，结合工程实际情况进行合同风险分析，并采取相应对策以及最终签订有利的工程承包合同。
施工合同谈判前，承包人应明确专门的合同管理机构如经营处，负责施工合同的审阅，根据发包人提出的要求，逐条进行研究，实施监督、管理、控制。在合同实质内容审查时，对有关的条款内容应引进足够重视。要注意避免合同工期约定的风险，如开工时间约定以开工报告之日起算，合同约定按日计算逾期竣工违约金的，最好有封顶条款，对工期保证金的处罚约定要合理，避免逾期数日全额扣罚。要注意质量标准及竣工验收条款的风险防范。要注意工程款支付及结算条款的风险防范，约定结算款的支付时间尽量不要超过行使优先权的时间，争取约定默认条款，保修金条款应明确约定分期扣回的时间和比例。注意对通用条款的研究，把握通用条款与专用条款的关系，化解通用条款对施工方不利的规定，运用通用条款的规定维护自己的合法权益。注意内部承包合同风险的防范。注意订立争议解决条款的风险防范。
在合同实质性谈判阶段，谈判策略和技巧是极为重要的，应选择有合同谈判能力和有经验的人为主进行合同谈判。通过合同谈判，使合同能体现双方的责权利关系平衡，尽量避免业主单方面苛刻的约束条件，并相应提出对业主的约束条件。虽然合同法赋予合同双方平等的法律地位和权力，但在实际的经济活动中，绝对的平等是不存在的。权力还要靠自己去争取，如有可能，应争取合同文本的拟稿权。对业主提出的合同文本，应对每个条款都作具体的商讨，切不可把自己放在被动的地位。
合同一经签订，即成为合同双方的最高法律，合同中的每一条都与双方利害相关。所以在合同谈判和签订中，对可能发生的情况和各个细节问题都要考虑周到，并作明确的确定，不能存有侥幸的心理。一切问题都应明确具体地以书面形式规定，不要以口头承诺和保证。合同中应体现出有效防范和化解风险措施的具体条款。