在很多的工程中，建设单位可以要求施工单位，预付一部分资金作为国土工程质量保证金，这样可以防止一旦工程建设出现问题，就可以用这笔资金进行维修，这样就可以避免工程出现质量问题无法及时维修，同时又可以保障建设单位的基本权益，而国土工程质量保证金的扣除和返还等等都可以相关的管理办法操作。
建设工程质量保证金管理办法
第一条为规范建设工程质量保证金管理，落实工程在缺陷责任期内的维修责任，根据《中华人民共和国建筑法》《建设工程质量管理条例》《国务院办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》和《基本建设财务管理规则》等相关规定，制定本办法。
第二条本办法所称建设工程质量保证金(以下简称保证金)是指发包人与承包人在建设工程承包合同中约定，从应付的工程款中预留，用以保证承包人在缺陷责任期内对建设工程出现的缺陷进行维修的资金。 缺陷是指建设工程质量不符合工程建设强制性标准、设计文件，以及承包合同的约定。 缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，由发、承包双方在合同中约定。
第三条发包人应当在招标文件中明确保证金预留、返还等内容，并与承包人在合同条款中对涉及保证金的下列事项进行约定：
(一)保证金预留、返还方式;
(二)保证金预留比例、期限;
(三)保证金是否计付利息，如计付利息，利息的计算方式;
(四)缺陷责任期的期限及计算方式;
(五)保证金预留、返还及工程维修质量、费用等争议的处理程序;
(六)缺陷责任期内出现缺陷的索赔方式;
(七)逾期返还保证金的违约金支付办法及违约责任。
第四条缺陷责任期内，实行国库集中支付的政府投资项目，保证金的管理应按国库集中支付的有关规定执行。其他政府投资项目，保证金可以预留在财政部门或发包方。缺陷责任期内，如发包方被撤销，保证金随交付使用资产一并移交使用单位管理，由使用单位代行发包人职责。 社会投资项目采用预留保证金方式的，发、承包双方可以约定将保证金交由第三方金融机构托管。
第五条 推行银行保函制度，承包人可以银行保函替代预留保证金。
第六条在工程项目竣工前，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金。 采用工程质量保证担保、工程质量保险等其他保证方式的，发包人不得再预留保证金。
第七条 发包人应按照合同约定方式预留保证金，保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的5%。合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金的，保函金额不得 高于工程价款结算总额的5%。
第八条缺陷责任期从工程通过竣工验收之日起计。由于承包人原因导致工程无法按规定期限进行竣工验收的，缺陷责任期从实际通过竣工验收之日起计。由于发包人原因导致工程无法按规定期限进行竣工验收的，在承包人提交竣工验收报告90天后，工程自动进入缺陷责任期。
第九条缺陷责任期内，由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修，并承担鉴定及维修费用。如承包人不维修也不承担费用，发包人可按合同约定从保证金或银行保函中扣除，费用超出保证金额的，发包人可按合同约定向承包人进行索赔。承包人维修并承担相应费用后，不免除对工程的损失赔偿责任。 由他人原因造成的缺陷，发包人负责组织维修，承包人不承担费用，且发包人不得从保证金中扣除费用。
第十条缺陷责任期内，承包人认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
第十一条发包人在接到承包人返还保证金申请后，应于14天内会同承包人按照合同约定的内容进行核实。如无异议，发包人应当按照约定将保证金返还给承包人。对返还期限没有约定或者约定不明确的，发包人应当在核实后14天内将保证金返还承包人，逾期未返还的，依法承担违约责任。发包人在接到承包人返还保证金申请后14天内不予答复，经催告后14天内仍不予答复，视同认可承包人的返还保证金申请。
第十二条发包人和承包人对保证金预留、返还以及工程维修质量、费用有争议的，按承包合同约定的争议和纠纷解决程序处理。
第十三条建设工程实行工程总承包的，总承包单位与分包单位有关保证金的权利与义务的约定，参照本办法关于发包人与承包人相应权利与义务的约定执行。
第十四条本办法由住房城乡建设部、财政部负责解释。
第十五条本办法自公布之日起施行，原《建设工程质量保证金管理暂行办法》(建质[2005]7号)同时废止。
此办法里面规定了工程建设的缺陷期限、国土工程质量保证金的扣除比例以及如果没有出现质量问题的返还问题等等，在实际操作中，可以详细阅读参阅此办法，可以以此解决争议纠纷，双方也可以在此办法允许的范围内。