建设工程合同的主要内容中除了要写明发包人与承包人的名称、法定代表人、工商登记号、住所及联系方式等基本情况，还要写明竣工验收后的阶段，双方如何进行进行结算。
1、当事人条款
合同应明确发包人与承包人的名称、法定代表人、工商登记号、住所及联系方式等基本情况，承包人应具备与合同工程相对应的施工企业资质等级。
2、工程名称和范围(标的物条款)
该条款主要用于明确合同所指向的建设工程的内容和范围。项目名称、施工现场的位置、施工界区等都应在合同中予以明确。
3、施工准备条款
该部分条款主要对在工程施工前应完成的工作进行约定，主要包括施工现场具备施工条件，土地平整、道路通畅及水电设施应予完成;具备必要的施工合法性文件，其中最重要的文件即为施工许可证，依建筑法规定，未取得施工许可证的工程不能开工，当然还包括其他如临时用地、爆破作业等其他许可文件;施工场地地质和地下管线资料及工程设计图纸的交付，发包人并应对其提供的资料和图纸的真实性和合法性负责。
4、施工组织设计和工期
承包人应提交施工组织设计和工程进度计划，经发包人指定的监理工程师或发包人驻场代表确认后，承包人应按进度计划组织施工，并接受监理工程师或发包人驻场代表的检查与监督。合同应明确工程开工与竣工日期，并对工期延误及相关责任问题进行约定。
5、工程质量和检验条款
承包人应对工程应达到的质量标准作出承诺。按国家标准，建设工程质量检验按分项、分部、单位工程的质量评定均分为“合格”与“优良”两个等级，合同应约定工程质量需符合何种标准，以及当双方对工程质量发生争议时的鉴定机构及其程序。
6、价款及其支付
在建设工程合同实务中，价款问题产生的纠纷最为常见。建设工程尤其是大型工程的造价金额通常较大，合同履行期相对较长，其中可变因素较多，因此在客观上也确实存在价款难以确定或其确定过程较复杂的情况。建设部2001年颁布的《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》规定了三种建设工程施工合同价款的方式：固定价，即合同总价或单价在合同约定的风险范围内不可调整;可调价，即合同约定工程价格在实施期间随价格变化而调整;工程成本加酬金确定的价格。当事人可在合同中约定其中一种计价方式。
7、材料及设备供应
建设工程涉及到大量的材料与设备，因此合同应就材料与设备供应主体、供应范围、供应日期、验收程序及标准、保管责任等问题进行约定。材料和设备既可由发包人提供，也可由承包人提供，提供方应对材料与设备的合格性承担责任，另一方有权对其进行检验并提出质量异议。
8、竣工验收与结算条款
竣工验收与结算条款应对验收和决算的程序进行明确约定。在预计竣工日期之前的合理期限内，承包人应通知发包人准备验收，并提供相关验收资料，发包人应及时组织有关各方包括勘察设计单位、监理单位等与承包人共同进行竣工验收，并对存在的质量问题提出修改意见，验收合格或经修改后合格的，承包人应提交竣工验收报告。发包人不组织验收的，应承担对其不利的法律后果。
9、违约责任及索赔条款
发包人可能存在的主要违约事由为不依合同约定支付工程款，此外还存在着不提供必要的施工条件及资料、不按期组织各类验收等情形，合同应对各种可能的违约情形的违约责任进行规定，发包人承担违约责任的主要方式为实际履行、赔偿损失和解除合同。承包人可能存在的主要违约事由是未按期完工及完成的工程质量不符合法定及约定的质量标准，及与之相对应的不能提供必要的工程竣工资料。承包人承担违约责任的主要方式为修理或重作、赔偿损失、解除合同。合同应对履行过程中的索赔程序进行约定，一旦出现索赔事由，守约方应及时向违约方发出索赔通知，并提供相关证据，违约方应按合同约定的期限进行答复和处理。
10、承包人保修责任
承包人通常以签订质量保修书的形式明确其保修责任。