可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。
拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
起诉时尽量申请财产保全，查封被告名下账户，可以保障案件判决的顺利执行。
法律依据：《劳动合同法》第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。