单位追讨工程款注意事项包括：
1、注意当事人诉讼主体资格的证据；
2、搜集证明建设工程合同关系成立的证据；
3、注意收集能够证明建设工程合同履行情况的证据；
4、因建设单位拖欠工程款，施工单位在起诉时可依据建设工程施工合同的约定要求对方承担违约金；若合同没有违约金条款，可要求对方支付一定金额的逾期付款利息。
法律依据：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷若干题目的解释》第20条规定：
当事人约定，发包人收到竣工结算文件后，在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件的，按照约定处理。承包人请求按照竣工结算文件结算工程价款的，应予支持。