施工合同不进行备案的，是可能会在之后的相关审核的过程中，查不到相关的施工合同，是可能会对建设施工工程有一定的影响的。
一、施工合同不备案有什么后果
备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。备案与否在工程款结算方面有很大影响。
对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。
这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。
设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。
二、未备案的建设工程施工合同补充协议效力如何
建设工程领域中的“黑白合同”是指建设工程施工合同的当事人就同一建设工程签订的两份或两份以上实质性内容相异的合同。通常把经过招标、投标经备案的正式合同称为“白合同”，把实际履行的补充协议称为“黑合同”。
中标通知书对招标人和中标人具有法律效力，中标通知书发出后，招标人改变中标结果的或者中标人放弃中标项目的，应当依法承担法律责任。也就是说中标通知书一旦到达投标人，合同即成立招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起30日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
法律依据：
《建筑法》第三十一条（合同备案）发包单位应当在建设工程合同签订的30日内，送工程所在地建设行政主管部门备案。合同发生重大变更的，发包单位应自合同变更后15个工作日内，将变更协议送原备案机关备案。合同发生纠纷的，以备案合同为准。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条 当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。