工程分包合同常见的三种纠纷体现在总承包企业或专业施工企业与不具备相应资质的企业签定的劳务分包合同、总承包企业或专业承包企业与劳务分包企业以劳务分包合同的名义签订的实质上的工程分包合同和工程分包企业以劳务分包合同的名义与劳务分包企业签订的实质上的工程再分包合同这三个方面。
1、总承包企业或专业施工企业与不具备相应资质的企业签定的劳务分包合同。
这样的合同，根据《最高人民法院若干审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第1条和《合同法》等规定被认定为无效合同。合同无效后的处理：如果劳务分包企业提供劳务的工程合格，劳务分包企业依据《解《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》第2条的规定，请求劳务费的应当得到法律支持。如果仅仅因劳务分包企业提供的劳务质量不合格引起的工程不合格，劳务分包企业请求劳务分包合同约定的劳务价款的，将得不到法律支持，并且，还应承担相应的损失。
2、总承包企业或专业承包企业与劳务分包企业以劳务分包合同的名义签订的实质上的工程分包合同。
这种合同将依据合同的实际内容及建设施工中的客观事实，及双方结算的具体情况，来认定双方合同关系的本质。其中有的可能会被认定为工程分包合同，那么就要按照工程分包合同的权利义务，来重新确认双方的权利义务。
3、工程分包企业以劳务分包合同的名义与劳务分包企业签订的实质上的工程再分包合同。
这种合同将被认定为无效。工程分包企业因此种行为取得的利润将被法院依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》第4条的规定收缴，或者由建筑行政管理机关作出同样的收缴处罚。
相关知识介绍：
建设工程劳务分包企业的资质要求
建设部在《建筑业劳务分包企业资质标准》中对劳务作业分包的种类及各种类企业的资质标准作出了明确的规定。其中劳务作业分包包括13种，即：(1)木工作业(2)砌筑作业(3)抹灰作业(4)石制作(5)油漆作业(6)钢筋作业(7)混凝土作业(8)脚主架作业(9)模板作业(10)焊接作业(11)水暖电安装作业(12)钣金作业(13)架线作业。每种作业的承包人都分别应具备相应的资质等级标准及作业的具体范围。例如：一级木工企业作业可承担各类工程的木工作业分包业务，但单项业务合同不得超过企业注册资本金的5倍。
根据以上规定，建筑企业项目负责人在授权对外签定劳务分包合同时，一定要严格审查：劳务分包企业的工商登记、注册资本、、经营范围、及企业劳务作业的资质等情况，以免签定无效的劳务分包合同，产生不必要的劳务分包纠纷。