在市场经济体制下，水利资金的运动摆脱了政府严格的无效控制，并遵循市场规则和效益导向进行有效率的价值运动，其中，市场机制起决定性的作用，使得资金运动的每一个过程都严格体现有效性。一是在前期工作阶段，水利项目的立项、论证、设计、招投标等都遵循市场中的效益原则，并在效益的指引下自主进行这些活动，政府只对水利事业的发展给出有效的政策，资金的筹集渠道多元化，资金的投资形式是：公益型水利事业由政府投资，准水利公共品领域由财政资金引导社会资金投资，竞争型水利项目完全由社会资金投资。二是在建设过程中，工程建设严格实行业主负责制。三是在项目运营阶段，所发生的耗费按完整成本进行核算，如实反映项目运营中的成本费用，为计算净利润提供可靠的依据，并且对公益型水利工程，其公益性行为程度也进行量化，水管单位为社会提供无偿的服务的耗费由政府给予补偿。四是在回收过程中，商品水及其他服务按价值和市场需求定价，但也接受国家宏观物价政策的管理和调控；水管单位自主经营，对投资者的资本金负责保值增值；公益性的全部耗费支出由国家财政拨补或由政府制定的政策性收费加以补偿。五是在分配过程中，承认政策性资本折耗，实施利润分配和纳税的财务管理制度。