花卉灌溉水源的质量从源头上决定了花卉的种植效果。目前可用的杀菌技术主要有热处理、臭氧处理、紫外线辐射、缓速砂滤法、膜过滤法、离子杀菌法等。在选择灌溉水杀菌方式和设备的时候，应考虑花卉与病原的关系，从设计上考虑水源的供应、储存，同时，使用成本也是决定性的因素。
花卉的需求在逐年递增，花卉养殖业的发展在于品质的提升。花卉灌溉水源的质量从源头上决定了花卉的种植效果。目前可用的杀菌技术主要有热处理、臭氧处理、紫外线辐射、缓速砂滤法、膜过滤法、离子杀菌法等。
（1）灌溉水净化采用热处理
把灌溉水经过95℃的热交换，时间保证30秒以上。水PH值降到4.5以下进行热交换，送入热交换器。降低PH值是为了避免钙质累积在热交换器上。交换器的管壁材料以不锈钢或钛合金为主。加热能源以天然气为例，每立方米热水约需要2-4m³的天然气。在花卉生产大国荷兰，这种技术是花卉种植水源进行杀菌的主要途径。
（2）应用臭氧处理方法改善灌溉水
具有三个氧分子的臭氧对细胞膜有很强的氧化能力。在密闭空间内，每十克臭氧可处理一立方米体检的灌溉水。应用前水源的pH值要低于4.0，处理后放置一小时才能用于灌溉。水要通过炭质过滤以避免臭氧逸入温室内或停留在水中产生毒性。
（3）紫外线除菌处理方法
这是最常见和可靠的处理方法，主要是使水流通过紫外光照射，其剂量为100～300ml/cm²。
（4）缓慢砂滤法
这种方法在许多国家用以过滤饮用水。研究结果显示，用0.35～0.5mm的细砂可滤除真菌，对细菌的滤除率为95%～99%。滤菌作业缓慢是这种技术的主要问题，对病毒则无法滤除。
（5）膜过滤法
该方法是利用孔径极小的过滤隔膜，用以隔除真菌、细菌或线虫的进入，使用的孔径0.05～0.25μm。主要的应用问题在于孔径容易阻塞。
（6）离子杀菌法
这项技术目前还停留在研究阶段，主要的问题在于完成杀菌的灌溉水不容易去除残留离子，对植物产生毒害。
在荷兰以及北美地区，温室花卉灌溉水的杀菌主要以热处理、臭氧处理与紫外光杀菌三种方式为主。在选择灌溉水杀菌方式和设备的时候，应考虑花卉与病原的关系，从设计上考虑水源的供应、储存，同时，使用成本也是决定性的因素。如花卉对病原有抗性，则不需彻底杀菌以降低成本。