工程审计是指审计机构依据国家的法令和财务制度、企业的经营方针、管理标准和规章制度，对工程项目的工作，用科学的方法和程序进行审核检查，判断其是否合法、合理和有效，以此来保证工程项目目标顺利实现的活动以及避免工程审计纠纷。那么，小型水利工程如何审计呢？
一、在工程审计纠纷中，小型水利工程审计程序如下：
（一）先计算工程量、检查套用的的定额、取费、材料价差等；
（二）检查图纸的工程量与实际完成的工程量、报结算的工程量的差异；
（三）现场签证项目的真实性；
（四）设计变更的程序、必要性；
（五）招投标过程的合法性。
以此通过这些程序来避免工程审计纠纷。
二、在工程审计纠纷中，工程审计需要提供的资料主要是：
（一）在工程审计纠纷中，审计需要基建工程相关资料
在工程审计纠纷中，基建工程相关资料包括工程项目立项批准建设文件；工程项目聘请监理合同等有关文档；工程项目质量验收相关文件；概算资料及招投标文件；施工合同、协议工程竣工图；材料费用资料；取费资料；竣工结算及决算资料。
（二）在工程审计纠纷中，审计需要送审会计报表
在工程审计纠纷中，送审会计报表包括建设项目概况表；基本建设项目竣工财务决算表；建设项目交付使用资产总表；建设项目交付使用资产明细表；项目概（预）算执行情况表；待摊投资明细表；竣工决算编制说明书。
（三）在工程审计纠纷中，审计需要审计资料
在工程审计纠纷中，审计资料包括会计凭证；会计帐薄；银行对帐单；营业税申报表；主要供销合同；银行借款合同；实物保管帐；设备管理台帐；固定资产管理台帐。
（四）在工程审计纠纷中，审计需要辅助资料
在工程审计纠纷中，辅助资料包括建设方企业章程；建设方企业验资资料；内部管理制度；重要会议记录；机构设置示意图；报表截止日的重大事项说明及相关资料；国有资产产权登记表；法人营业执照；税务登记证；土地使用权证；土地使用权出让合同及相关资料；采用的会计政策说明；现金盘点表（距工程完工最近日期）；银行未达帐调节表；固定资产清单；国家审计结论；中介机构审计报告；工程造价审核报告；声明书。
三、在工程审计纠纷中，审计的工程审计的收费标准如下：
在工程审计纠纷中，审计的工程造价审计收费通常采用基本收费＋追加收费两部分组成，基本收费一般定为建设单位送审总造价的0．1—0．3％左右，追加收费一般定为中价机构审减金额的4—9％左右。
在工程审计纠纷中，审计的审计服务费用由建设单位支付，在工程投资中单独列支（国家财务部有相关规定）。
在工程审计纠纷中，现在对工程审计收费标准，国家不做硬性规定，只是做指导价，具体价格可以与具体审计部门协商