近年来，随着国家建设项目审计工作的加强和建设单位自身对工程管理工作的细化，有越来越多的工程在竣工结算时都要求经过审计这一程序，使工程的竣工结算工作无法按期完成，施工单位的工程结算款无法按期收回，严重影响施工单位的正常经营活动。甚至有的建设单位由于资金不足，故意借竣工结算来拖延付款时间或借竣工结算审计来压缩工程造价，给施工单位造成利益损失。根据国家现行的法律规定，对于施工单位来说，一切的审计工作都是竣工结算工作中的事情，审计工作必须遵守承包合同中关于结算的有关规定。 一、 审计机关对国家建设工程审计是对建设单位的行政监督行为。国家审计署发布的《审计机关国家建设项目审计准则》中规定国家建设项目是指国有资产投资或者融资为主（即占控股或者主导地位）的基本建设项目和技术改造项目。被审计单位是工程的建设单位，审计机关和被审计单位是一种审计行政法律关系，审计机关的审计监督只对被审计单位产生法律效力，对施工单位的造价结算不具有约束力。审计机关在审计国家建设项目时，根据需要对项目的勘察、设计、施工、监理、采购、供货等方面进行审计时，检查的内容包括：
1.招投标程序及其结果的合法性；
2.工程承发包的合法性；
3.合同的订立、效力、履行、变更和转让、终止的真实性和合法性；
4.设备、材料核算的真实性和有效性；
5.参建单位与国家建设项目直接有关的收费和其他财务收支事项的真实性和合法性；
6.参建单位资质的真实性和合法性。由此可见，在国家建设工程的审计过程中，即使涉及到参建单位，也是以承包合同为基础，检查承包合同的合法性和履行合同的真实性，进而对被审计单位（即建设单位）作出审计监督的结论。
二、 建设单位与施工单位的竣工结算必须以承包合同为依据。 工程竣工后，建设单位和施工单位按承包规定，进入竣工结算阶段，有的建设单位由内部人员来核定结算造价（既内部审计），有的建设单位委托社会上的会计师事务所等中介服务机构来核定结算造价（即社会审计），但无论用什么形式的结算造价核定，都必须以承包合同中规定的工程造价计算方式为依据核定，在时间上也必须遵守合同中规定的结算时间限制。对于合同中没有规定的新增加部分，以承包发包双方发生的实际交易为依据，按照国家或地方有关标准进行核算，核算的结果经承发包双方认可后作为双方最终结清工程款的法律依据。若对于核算结果双方意见不统一，又无法经协商达成一致时，可付诸法律诉讼程序解决。
三、 订立合同时减少不确定因素有利于结算工作的顺利进行。 既然工程承包合同是工程结算的依据，那么在订立合同的条款时就应该将结算的办法及有关的造价核算办法一一明确，作为工程结算时承包、发包双方共同遵守的原则。
1、单价固定的合同，一般称单价合同，在订立单价合同时必须明确工程量的核算办法和材料或设计发生变更时如何调整单价。
2、 总价固定的合同，一般称总价合同，在订立总价合同时，必须明确如果发包方提供的总价核算依据与实际情况不符时，应如何调整总价，以及材料或设计发生变更时如何调整总价。
3、 超出原承包合同中规定的承包范围增加新的项目时，承包及发包双方应签定新的协议，并明确价格或计算价格的方法。综上所述，工程结算时无论需要政府审计、社会审计、内部审计，都可以视为竣工结算工作内容之内事情，都必须遵守承包及发包双方订立的承包合同，因此合同条款的严密明确有利于竣工结算工作的顺利进行。