施工合同被确认为无效后，若建设工程经竣工验收合格的，按照双方合同的约定结算工程价款；若建设工程经竣工验收不合格的，修复后验收合格的，发包人可以要求承包人承担修复费用，修复后仍验收不合格的，承包人无权得到整个工程的工程价款。
关于建设方以施工方违约作为拒付工程款抗辩的工程价款结算
这一类纠纷主要有：
（1）发包人以承包人逾期竣工拒付工程款；
（2）发包人以承包人未按约垫资拒付工程余款；
（3）发包人以承包人主张权利超过诉讼时效拒付工程款。
（4）发包人以工程质量存在瑕疵或未予修复为由拒付工程款；
（5）发包人以工程未竣工拒付工程款；
造成工程价款约定不明确的主要原因是由于工程设计尚未完成，无法依据施工图纸等确定工程量。其情形在合同中分别表现为：对工程造价决算笼统约定为按省、市有关文件执行；根据承包方式的不同，笼统约定为施工图预算加签证、执行国家工程定额、工程概算包干、施工图加系数包干等；此外，还有的无书面合同，双方对工程造价决算的依据和方法各执一词。依据《合同法》第61、62条规定的精神，当事人双方在诉讼中可以协商补充工程造价及决算的约定。协商不成时，可按以下方法处理：
（1）合同中约定了工程造价及决算的计价方法的，应当从其约定。对于约定工程造价决算执行省、市有关文件规定的，如约定了明确的年度工程定额文件的，依据该文件确定；无明确约定的，依据当年工程定额文件确定。对于约定根据承包方式采用施工图预算加签证、工程概算包干、施工图预算加系数包干等的，如果施工图纸、工程概算等文件已经完成，并经双方签字，应作为工程造价决算的依据。如仍不能确定工程价款的，应依据当地建设行政主管部门制定的当年工程计价文件。对于合同未就工程价款作具体约定的，或者无书面合同、双方对工程价款的确定又认识不一的，亦应依据当地建设行政主管部门制定的当年工程计价文件确定。
（2）对于双方当事人就工程造价及决算的计价方法能够形成一致意见，或者按照前述方法能够确定计价方法的，双方当事人应进行工程价款的核算。对因涉及专业性较强的问题不能核算的，可以申请委托专业部门进行审计，并经庭审质证后审查确定工程价款。关于施工方主张优先受偿权的工程价款结算
《合同法》第286条和最高法院司法解释明确了优先受偿权的适用条件和范围、权利限制情形、行使方式、溯及力等，强化了对施工人合法权益的优先救济和法律保护。催告的合理期限在通常情况下，可参考国家建设部、工商行政管理局联合颁布的建设工程施工合同示范文本中有关工程款给付时间段的规定，确定为1个月左右为宜。但如果双方对以工程折抵欠款达成协议的，承包方可不必经过催告而取得行使折价受偿的权利。如果发包方恶意转移建筑物所有权，承包方随时可以申请人民法院拍卖。
关于发包人与承包人之间就同一工程签订几份不同版本合同的工程价款结算。
若几份不同版本的合同中有一份是经备案的中标合同，则根据最高院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条的规定，以经备案的中标合同为结算依据。否则，应根据合同签订的时间顺序，以后签订的合同为结算依据。