近年来，全国各地都掀起了政府采购电子化的热潮。政府采购流程嵌入各种电子系统或软件中，在给各方当事人带来方便的同时，也惹来了其他麻烦。下面这起案例就是众多类似案例中的一个缩影，引人思考。
案情概述
此前，某政府采购项目运用G公司开发的电子系统进行公开招标，招标文件、投标文件均需导入该电子系统。投诉人A公司对采购代理机构M公司的质疑答复不满，随后向当地J财政局提起投诉。
A公司投诉称，M公司不具备编制招标文件、组织招标的能力和条件（不排除该代理机构蓄意不按制度软件规定格式编写招标文件），其制作的招标文件与其指定投标制作软件格式不符，使得本公司使用其指定的软件制作投标文件时，所制作出的投标文件无法满足招标文件格式要求。
M公司称，上述电子系统、电子投标文件制作软件是全省范围内公共资源交易平台普遍使用的系统和软件。利用这一软件可以导入按招标文件约定格式制作的投标文件，只要按要求导入即可。
经查，J财政局称，在上述电子系统中，投标文件制作软件提供的投标文件格式（公开招标）项下只有19个分项，故代理机构M公司尽可能地从这些分项中选择一致或相似的分项作为其招标文件要求。M公司使用的招标文件制作软件与投标人使用的投标文件制作软件，权限各不相同。如果出现招标文件要求与投标文件不一致的，投标人可以向M公司咨询，按照M公司的要求，将自己的投标文件上传至M公司指定的分项下即可。决定驳回A公司的投诉。
问题引出
投诉处理结果是否合理？
该案件的发生究竟是谁的责任？
实践中，如何尽量避免类似案件，即因电子系统本身原因导致的问题发生？