(一) 增强自身设计能力
《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》第10条规定：“工程总承包单位应当同时具有与工程规模相适应的工程设计资质和施工资质，或者由具有相应资质的设计单位和施工单位组成联合体。工程总承包单位应当具有相应的项目管理体系和项目管理能力、财务和风险承担能力，以及与发包工程相类似的设计、施工或者总承包业绩。设计单位和施工单位组成联合体的，应当根据项目的特点和复杂程度，合理确定牵头单位，并在联合体协议中明确联合体成员单位的责任和权利。联合体各方应当共同与建设单位签订工程总承包合同，就工程总承包项目承担连带责任。”在设计-施工联合体中，设计对施工单位弥足重要，施工单位的成本、工期、施工方案几乎都与设计相关。因此，施工单位应尽量增强自身设计能力，取得设计资质。由此在工程总承包项目中，就不用受设计单位的掣肘，从而增加自身的成本控制，增大自己的盈利空间。
(二) 联合体内部权责约定明晰
施工单位应在联合体协议中将联合体成员内部职责、分工及责任承担约定明晰，联合体内部权责明晰是保证联合体正常运转的前提，也是在联合体一方出现违约或者资信问题情形时，施工单位保证自己权益的重要依据。通常，联合体协议至少应包括以下几个方面的内容：
1.各方权利、义务、合作责任的分担，应确保各方的工作界面划分明确、合理，联合体内部关系及责任清晰；
2.项目管理模式。对内，应约定联合体各方派驻项目的代表及其分工，及定期沟通的方式，确保联合体内部的协调机制有效运作；对外，应约定联合体项目部的各种规章制度和工作程序，统一代表联合体各方对外联系工作、指挥协调。
3.资金、设备、材料周转管理制度，以确保施工组织有序、高效，工程款支付公开透明；
4.管理费用的分摊比例与投入方式；
5.合理分配联合体的法律及经营风险；
6.合理划分联合体的保证责任，如投标保证金、履约保证金、预付款保证金、质量保证金及工程保险等；
7.联合体内部纠纷的处理程序及应急预案。
(三) 增强对工程款的控制程度
施工单位应尽量在联合体中起主导作用，由此增强对工程款的控制程度，尽量约定由建设单位将工程款支付给施工单位，由施工单位进行分配或者联合体设立共管账户进行工程款的收支，从而增强对工程款的监控渠道和控制程度。
(四) 审慎审查另一方资信情况
在组成联合体前，施工单位可以通过调查联合体另一方的工商内档资料查询该公司的注册资本及注册资本的实际缴纳情况，并通过启信宝、企查查、中国裁判文书网、最高人民法院失信被执行人名单、信用中国，甚至百度等方式调查联合体另一方资信状况。此外，施工单位应对联合体另一方的背景情况、技术水平、垫资能力、以往项目经验进行充分的调查，慎重选择能与自己形成技术或资源优势互补的合作伙伴。
(五) 退出机制、后果约定明确
为防止联合体合作方中途退出，导致施工单位被迫垫资施工或者承担不利后果，施工单位应与联合体合作方约定好一方中途退出机制以及中途退出应承担的后果，可事先要求合作方按比例提供相应的保函、保证金，并明确约定合作方提前退场的机制及擅自提前退场的违约责任。
(六) 避免分包反索赔
在总包单位与分包单位联合投标模式下，如果项目资源来源于分包单位，因分包合同条款通常会约定的较为严苛，总包单位应当注意审查分包合同的各项约定。在对分包单位进行管理的过程中，应尤为注意分包合同项下己方的履约情况，尽可能避免分包单位的反索赔。