近年来，随着工业化、城镇化以及农业产业化步伐的逐步加快，农村一些有条件的地方也开展了农村垃圾集中清理专项行动，推进了农村环境卫生整治。但这些工作还刚刚起步，从农村大局来看其所起的作用是微不足道的，根本无法遏制愈演愈烈的农村环境污染的趋势。在一些地方，农村环境污染问题日益加剧，脏、乱、差、危等现象十分普遍，农村生态遭到严重破坏，农村居民健康程度不断下降，患恶性肿瘤的病例逐年增多，给农业生产和农民生活造成很大危害。因此，加强农村生态环境建设、加强农村环境保护，加强农村整洁工程建设已迫在眉睫。
一、农村整洁工程建设当前面临的难点问题
第一，农村垃圾的大量产生和农药化肥的滥用，对农村环境造成越来越严重的污染。对农村垃圾的处理，大多数地区还处于无人管理的状态。过去，人畜粪便，生活垃圾是上等农家肥，是农民们争取粮食丰收的宝贝；而如今是直接排入水沟、池塘，进入河流，使大量的水质变黑、变臭。“室内现代化，室外脏乱差”已成为一些先富村庄的形象写照。如今种田不用农家肥了，大量垃圾造成一次污染；盲目滥用农药、化肥造成越来越严重的环境二次污染。农药品种较少，单一农药品种多年重复使用，导致农业害虫和病原菌抗药性增强，降低了农药使用效果，使农药用量一再增加，不仅污染了农作物还通过食物链在生物体内浓缩最终危害人类。
第二，农村养殖业滥用激素和抗生素，形成恶性循环，由此引发的食品安全问题已经到了关乎我们民族繁衍的程度。由于集约化养殖，为了避免由于拥挤和不卫生的养殖环境导致的疾病暴发和传播，鸡鸭、猪、奶牛甚至是人工饲养的鱼、虾、黄鳝、鳖等，食用的都是添加了多种激素和抗生素的饲料。由于动物会对抗生素产生耐药性，因此，养殖户们需要不断投入新的抗生素，而且添加量会越来越多。据专家披露，以前使用的土霉素、黄胺霉等抗生素，现在养殖场都不用了，改为混霉素、罗璇霉素等，也就是说，用在人身上的抗生素基本都出现在了禽畜行业里。中国社会科学院中医药事业国情调研组的调研也证明了这点：在我国养殖业中，特别是在中小养殖户中，抗生素的滥用已登峰造极。不仅大量使用具有严重毒副作用的已被淘汰的抗生素，就连人类还在试用的某些新抗生素也已用于动物。许多动物不是病死的，而是过量用药致死的。由于长期食用“有抗食品”，消费者的耐药性也会不知不觉增强，等于在人体内埋下一颗“隐形炸弹”，将来一旦患病，很可能就无药可治。很多养殖户自身也都意识到抗生素的问题，他们自己也尽量不吃自己养出来的猪、鸡、鱼、鳖，而转向寻求土生土长或是野生的食品。
第三，农村中迅速发展的工业生产造成了农村生态环境的严重恶化。随着经济快速发展，地方政府以招商引资为头等大事，引进企业就是成绩。一些化工、农药、电镀等污染企业从城区迁移分散到乡镇去，增加了当地政府的GDP和税收，受到当地政府的支持。而企业为了降低成本，将废水、废气、废渣偷偷排放，严重地污染了周围的土壤、大气和水体。近年来，每到夜间，常有刺耳的噪音、刺鼻的怪味让企业周围的农村居民难以忍受，让周围的庄稼枯萎死亡。深受其害的农村居民不是到企业大门去围堵抗议，就是到当地政府大门去集体上访。而当地政府却采取承认既成事实的态度，偏向排污企业，压制农村居民。更有甚者，政府领导会对亲手引进的淘汰落伍、能耗高、污染重的企业实行重点保护。事实上，排污后，一旦土壤“中毒”，如苯、甲醛等可挥发性的污染物的毒性释放可达几十年到上百年。而环保部门也不会公示相关环境信息，当地村民群众也不大清楚具体的环境信息和危害性，“身在毒中不知毒”，等到许多怪病上身了，才慢慢有所觉察。
二、农村整洁工程建设中存在上述问题的原因
第一，长期以来，地方政府“以经济建设为中心”的理念贯穿于整个政策思维之中，以“GDP崇拜”为代表的“速度拜物教”思潮难以遏制。这是近些年来农村的生态环境不断恶化的根本原因，也是农村经济粗放式增长带来的后果。片面追求经济效益，忽视生态建设和环境质量的改善，甚至不惜牺牲生态环境谋求经济发展，导致农村生态环境恶化。同时，由于我国农业现代化进程中，工业优先增长和依托工业的现代化农业迅速发展，以及农村城镇人口的大量增加和迅速集中，这使得农村原有的具有强大的环境自然净化能力被破坏，原本可以自行消除污染的功能也因超负荷运转而逐渐丧失。
第二，农村的环境建设缺乏科学规划和有效管理，环卫设施配置滞后。在农村加快经济发展和城市工业化向农村转移的过程中，政府制定的发展规划往往追求短期政绩，追求“GDP”，追求企业利润，追求财政收入，不顾农村的生态环境的改善。对于农村大量增加的垃圾只注重了垃圾的清扫、搬运，而对垃圾的处理基本上仅限于简单的覆盖、填埋和焚烧，造成新的污染，缺乏长效的无害化的处理途径。
第三，农村环保法律法规不健全，操作性不强，企业违法排污的处罚力度过低。目前，国家有关农村环境保护的法律法规分散在其他多部法律文件之中，相当一部分内容属于原则性规定，概括性强，实践中难以操作。尽管农业部门出台了相关的规定，但由于监管人手少，而养殖者众多且分散，对畜类肉产品都进行抗生素残留等检测也很难做到。即便检查到养殖者违规使用抗生素，处罚措施也一般是批评教育和罚款，威慑力度远远不够。2008年，有政协委员曾向两会提交提案称，在我国，抗生素被普遍用于牲畜的饲料添加剂，当人食用了这些含有抗生素残留物的奶和肉制品，会致使体内病菌耐药性明显上升。提案认为“抗生素比三聚氰胺更可怕“，并呼吁制定法规对滥用抗生素做出规范。但据多位食品安全专家表示，目前中国仍未有相关法律制约。
第四，农民重视眼前经济效益，急于短期致富，环保意识淡薄。由于历史原因和小生产方式，农民一般都重视短期效益和个人利益，对农村环境污染能忍则忍，能过则过，能让则让，能避则避，赚钱要紧。种植业和养殖业中，只要有钱赚，管它什么污染不污染！“室内现代化，室外脏乱差”也无所谓，有钱的就进城买房逃离农村，管它农村卫生不卫生。这也成为农村整洁工程建设中的阻力。
第五，农村循环经济发展缓慢。政府往往为了扶持农村循环经济的几个试点而投入大量的物力、人力和资金，树几个“样板”以吸引上级部门的补助资金；其他地区不但没有给予一定的补贴，而且连一般的信贷扶持政策也不能落实。由于缺少资金、技术、人才和信息，再加上近几年来种植业、养殖业的收益低，风险大，农民发展循环经济积极性不是很高。
三、加强农村整洁工程建设的对策
农村生态环境是农民生存和发展的基本条件，是农村经济社会发展的基础。农村整洁工程建设包括实施农业生产净化、农村生活整洁和农民生态文明等方面的建设，重点解决农村生活环境污染以及资源浪费等问题。加强农村生态环境建设、加强农村环境保护迫在眉睫，而且也是一项长期而艰巨的任务。为此，必须以十七届五中全会精神为指导，切实加强农村整洁工程建设。
第一，政府必须正确处理经济发展与环境保护的关系，充分发挥政府加强农村整洁工程建设的主导作用。宏观经济政策要注重运用财政、货币、税收、利率、价格等经济杠杆手段，引导乡镇企业、广大农民摒弃以前各种不利于农村循环经济发展的生产、生活行为，走循环经济之路。政府要解放思想，从片面推崇“GDP”的政绩观中解放出来，接受相对较低的经济增长速度；要使县乡领导干部从“GDP”的高压政绩观的氛围中解脱出来，充分发挥基层政府的主导作用，把农村整洁工程建设作为新时期农业工作的切入点和密切干群关系的桥梁和纽带，作为一项德政工程、民心工程来抓。
第二，要坚持统筹规划、科学管理，合理调整农村产业结构和工业布局。十七届五中全会已经确定中国要走绿色低碳发展的道路，要转变发展方式，调整经济结构、产业结构、能源结构，保证经济持续发展和保护环境相结合。政府和有关部门要充分考虑农村具体的生产和生活状况，制定科学合理的规划，合理布局工业企业，统筹建设工业废水、生活废水集中处理系统和农村生活垃圾处理设施，保护农村饮用水质卫生安全和农村环境卫生。要把农村发展循环经济的规划纳入到农村长远发展规划中去。
第三，加大对农村环境保护的资金投入。农村整洁工程建设是农村一项集基础性、社会性和公益性为一体的事业，应列为政府对农村的公共服务内容，把工程建设纳入各级财政预算，排污费、道路建设费等专项资金应安排一定比例用于农村环境保护。加大环保基础设施投入，只有使环保资金的来源固定化、制度化，才能确保农村环保的物质基础。随着经济的发展和政府财力的增长，应逐年加大各级政府对农业与农村增加投入的力度，扩大公共财政覆盖农村的范围，强化政府对农村的公共服务。
第四，大力发展多模式的生态农业，使农、林、牧、副、渔生产进入良性循环系统。推广科学合理的施肥方法，减少化肥损失和污染。建立预警系统，预防重大农药污染。大力发展户用沼气工程，积极开发利用水能、风能、太阳能、生物质能等可再生能源。一些研究表明，农村养殖业的饲料中添加中草药可明显改变肠道细菌组成及数量，使有益菌类增加，并抑制大部分条件致病菌的生长。而且中草药添加剂在畜禽体内发挥有效作用后可被分解，极少毒害与残留，不易产生抗药性。专家认为，推广中草药饲料添加剂是政府职能部门为主导的系统工程，需要大力引导，进行广泛的健康养殖配套技术推广示范工作。丹麦养殖业通过改善饲料、打造环境舒适的猪舍等措施，最终使养猪业的医用抗生素的使用量也降低了（来源：国际先驱导报）。2006年1月，欧盟就已全面禁止在饲料中使用生长素、抗生素作为饲料生长添加剂。这应该是我国农村科学发展养殖业的方向。
第五，保护环境，建设生态农业重在全民参与。实施农村整洁工程建设，有利于农民群众的根本利益和长远利益，最终会受到广大农民群众的欢迎，而且，农村整洁工程建设体现在农村生产生活的各个方面，因此要依靠全社会民众的广泛支持。要通过群众喜闻乐见的科普宣传活动，提高农民的思想认识，崇尚科学文明，积极倡导文明向上的生活方式。广泛宣传环保法律知识，让农民掌握基本的环境保护法律法规的武器，理直气壮地维护自身利益，与一切破坏农村整洁工程建设的行为作有力的斗争。
第六，建立健全农村生态环境保护的相关法律法规，并落到实处。从执法环境上来说，要将农村生态环境保护放在和城市环保同等重要的地位来对待。政府应坚决站在社会公共利益的立场上，对污染严重的企业要采取关、停、并、转、迁等措施。尤其对处在上风向、上游区、居民密集区、水源保护区以及其他对农业生态建设有危害的工业企业都必须造成一种高压态势：企业一旦超标排污将面临高额罚款甚至于停产，面临较大违法压力和违法成本。