生态建筑设计方法主要包括整体设计和单体设计两种。整体设计方法是指在建筑设计的早期阶段，将整个建筑视为一个整体，进行全面而系统的设计；单体设计方法则是在整体设计的基础上，对建筑的不同功能空间进行分别设计。
在生态建筑设计中，还需要考虑建筑与自然环境的协调关系，包括对自然元素的运用、对自然条件的反应以及对自然环境的保护。同时，还需要考虑建筑的热工性能和节能效果，采用适当的建筑技术和材料，减少能源消耗和环境污染。
此外，生态建筑设计还需要考虑建筑的历史文脉和本土文化，尽可能地融入当地传统建筑风格和景观特色，营造具有地域特色的生态建筑。