开挖前先进行施工放样确定基础的准确位置撒上白灰线，开挖中用水准仪配合机械以便控制基底高程。
涵洞基坑开挖以机械开挖为主，人工配合清理的方法。基坑开挖过程中，机械开挖至离基底有20cm时，则采用人工清底，以免扰动基底土层降低承载力。
为保证涵洞基础模板有足够的支立空间和基坑排水，基坑开挖每侧按设计尺寸各留50cm。在基坑的四周挖30cm深的排水沟使基坑内的水集到集水井内，每个基坑内设置两个50cm深的集水井，每个集水井内放置水泵把水排出基坑。
基坑开挖达到设计标高后，仔细核对基底地质，进行地基承载力试验，合格后铺垫10cm的砂浆垫层。