沉井下到设计标高后，应进行基底清理以便封底。
1、排水清基
a．当沉井刃脚下岩面较平整，刃脚与岩面间空隙不大时（20cm以内），可用1：1水泥砂浆封堵间隙后排水清基。
b．岩石风化层较多，清基时应将风化层全部凿除，然后由潜水工将刃脚与岩石间空隙部分泥砂软层清理干净，在刃脚内侧堆码一圈砂袋，作为封堵砂浆的内模，用塑料袋或桶盛1：1水泥砂浆（必要时可掺2%氟化钠）缓缓吊送给潜水工，由潜水工将砂浆倒内砂袋与刃脚的空间内进行封堵，施工应连续进行。待砂浆达到一定强度后抽水进行井内清基工作。
2、非岩石类土基底水下清基
基底设置在非岩石类土层上的沉井、井孔内、刃脚及隔墙下的土层均应进行清理，以形成封底锅底坑。清基时可采用射水，吸泥式抓泥交替进行。清基时应注意控制泥面高度以及不要过分忧动刃脚下土层，以免引起翻砂或下沉，基底范围内的浮泥松土不易超过10cm，封底砼高度内的井壁及隔墙底面的粘泥应尽可能洗净。由潜水员和测量人员共同测定井孔底面标高。