论文参考文献的著录格式通常采用顺序编码制。顺序编码制已作为我国国家标准GB/T7714-2005(《文后参考文献著录规则》)引用参考文献的统一著录格式。我国绝大多数生物学期刊引用参考文献的著录格式均采用“顺序编码制”。顺序编码制是按论文的正文部分(包括图、表及其说明)引用的文献首次出现的先后顺序连续编码，参考文献的序号均用阿拉伯数字标明。在正文内引用是将序号标注于有关词组或段落相应处的文句后方，采用上标形式置于右上角方括号内，引文写出原著者，序号标在著者的右上角，如×××等[1];如未写著者姓名，序号应放在引文之后。书写时要注意对2篇以上不连续序号以逗号“，”隔开，比如用[1，5]，[1，3，7]的方式;对3篇以上连续的序号，只标注引用文献始末的编排序号，中间使用起止“-”连起，比如以[1-5]方式标注。
参考文献的著录格式除采用顺序编码制外，还有一种著者-出版年制，即引用的参考文献的著录内容由著者姓名与出版年构成，文后参考文献表中的各篇文献首先按文种集中，然后按文献著者姓名的字符顺序排列，并应紧接着著者标注文献出版年份。中文文献按笔画、笔顺或汉语拼音字顺排列。但该种著录格式在期刊中已基本不用。
范例：
(一)顺序编码制
正文与引文：
关于主题法的起源众说不一。国内有人认为“主题法检索体系的形成和发展开始于1856年英国克雷斯塔多罗(Crestadoro)的《图书馆编制目录技术》一书”，“国外最早采用主题法来组织目录索引的是杜威十进分类法的相关主题索引……”[1]。也有人认为“美国的贝加逊·富兰克林出借图书馆第一个使用了主题法”[2]。国外对主题目录发展历史的一些研究表明，主题法的产生与索引的编制有着密切的关系。美国学者布萨(R.Busa)认为，“可能早在七、八世纪就已经有了圣经语句的索引”[3]。美国惠蒂认为，“附有按字母顺序排列的索引的手稿，至早在十四世纪才出现”[4]。由于西文中以词而不以字母为单位，所以这种圣经语词索引可以说是一种从内容方面进行查找的主题索引的雏形。目前符合公认标准的最古老的索引是1247年英国雨果编的《圣经重要语词索引》[5]。
参考文献
[1] 刘湘生. 关于我国主题法和分类法检索体系标准化的浅见.北图通讯，1980，(2)：19-23.
[2] 扬沛霆，赵连城. 建立检索系统的几个问题(初稿).北京：中国科技情报研究所，1963.
[3] Borko H，Charles L B.Indexing concept and methods.New York：Academic Press，1978.
[4] 武汉大学图书馆学系编.目录学研究资料汇辑：第四分册外国目录学.武汉：武汉大学图书馆学系，1980：173-178.
[5] Pettee J. Subject headings：the history and theory of the alphabetical subject approach to books.New York：Wilson, 1946.
(二)著者-出版年制
正文与引文：
关于主题法的起源众说不一。国内有人认为“主题法检索体系的形成和发展开始于1856年英国克雷斯塔多罗(Crestadoro)的《图书馆编制目录技术》一书”，“国外最早采用主题法来组织目录索引的是杜威十进分类法的相关主题索引……”(刘湘生，1980)。也有人认为“美国的贝加逊·富兰克林出借图书馆第一个使用了主题法”(杨沛霆，1963)。国外对主题目录发展历史的一些研究表明，主题法的产生与索引的编制有着密切的关系。美国学者布萨(R.Busa)认为，“可能早在七、八世纪就已经有了圣经语句的索引”(Borko，1978)。美国惠蒂认为，“附有按字母顺序排列的索引的手稿，至早在十四世纪才出现”(武汉大学图书馆学系，1980)。由于西文中以词而不以字母为单位，所以这种圣经语词索引可以说是一种从内容方面进行查找的主题索引的雏形。目前符合公认标准的最古老的索引是1247年英国雨果编的《圣经重要语词索引》(Pettee，1946)。
参考文献
刘湘生.1980.关于我国主题法和分类法检索体系标准化的浅见.北图通讯，(2)19-23.
武汉大学图书馆学系编.1980.目录学研究资料汇辑：第四分册外国目录学.武汉：武汉大学图书馆学系.173-178.
杨沛霆，赵连城.1963.建立检索系统的几个问题(初稿).北京：中国科技情报研究所.
Borko H，Charles L B.1978.Indexing concept and methods. New York：Academic Press.
Pettee J.1946.Subject headings：the history and theory of the alphabetical subject approach to books.New York：Wilson.