市场主体不规范
项目业主行为不规范，主要表现为规避招标、串通招标、明招暗定、肢解发包工程、强迫中标人签订“阴阳合同”，以及投资资金不到位，拖欠工程款等问题。
投标企业行为不规范，主要表现为，投标企业诚信缺失，以弄虚作假和其他不正当手段骗取中标；行业自律性差，串标、围标、陪标现象时有发生；恶性竞争，低价竞标，中标后再以高价索赔、偷工减料等方式获利；违法层层转包、分包等。而且，由于投标企业属于弱势群体，在招标投标过程中，虽然明知受到不公正待遇，但为了争取揽到工程，也害怕对以后的项目投标产生不利影响，往往不敢采取法律手段来维护自己的合法权益。
部分招标代理机构诚信度较差，行为不规范，服务意识不到位。主要表现是：不能严格执行法律法规，与业主、投标企业合谋搞虚假招标、肢解发包工程；代理机构超资质范围承接、挂靠代理业务；代理机构从业人员水平参差不齐，综合素质和业务水平有待进一步提高。
个别评标专家缺少职业道德，不讲诚信。主要表现在评审时不尽职尽责，草率评标；在利益驱动下与“关系企业”勾结，为他们打高分，影响评审结果。另外，现评标时间大多在0.5～1天之间，对于大型工程项目来说评标时间不足。
有形建筑市场定位不明确。有形建筑市场有的挂靠在建设行政主管部门，有的为独立运行的服务型事业单位，还有的存在重复建设问题，如在省会城市建有省级和市级两个有形建筑市场，造成资源浪费，承接业务量不足。
代建制推行受制约
国务院《关于投资体制改革的决定》明确提出，对非经营性政府投资项目加快推行“代建制”，即通过招标等方式，选择专业化的项目管理单位负责建设实施，严格控制项目投资、质量和工期，竣工验收后移交给使用单位。推行代建制对于规范和加强政府投资项目管理，发挥专业咨询机构的作用，提高项目管理水平和工作效率，遏制政府投资项目建设过程中的腐败事件的发生都具有重要的意义和作用。但当前由于投资人、监管者、业主、代建单位各方职责定位不清，致使代建工作常常受到多方干扰，代建制推行难度加大。
最低价中标后患无穷
现阶段采用的评标方法一般分为两类：综合评估法和经评审的最低投标价法。由于在实际评标过程中，主要是对“技术标”和“商务标”进行评标，而技术标在综合评分中所占比重较小。据了解，技术标一般占40～45%，商务标占55～60%.同时投标人的技术组织设计方案差异也不大，因此，“商务标”成为中标的关键，谁的标价最低谁就能中标。最低价中标的原则是国际工程招标投标中的惯例，即符合合同的授予应采取报价对购买者“经济上最有利”的标准。但是在我国，最低价中标已导致投标人恶性价格竞争。施工企业为了中标，不惜报低价，中标后一旦发现价格报亏了，就停工或拖延工期；采取偷工减料或高价索赔等方式，以及通过加快工程进度缩短工期从而多接工程来弥补损失或获得盈利，这些做法对于工程质量、安全生产以及工程按期完工均带来了巨大隐患。
清单招标方式问题多
我国2003年7月1日起开始施行《建设工程工程量清单计价规范》，规定全部使用国有资金投资或国有资金投资为主的建设工程应执行《清单规范》；其他投资的建设工程采用工程量清单计价的应执行《清单规范》。推行工程量清单招投标，实现量价分离，对于完善招投标制度，促进施工企业提高管理水平自主报价，并由市场竞争决定价格，起到了积极的作用。但是，工程量清单招投标在我国还刚刚推行，起步较晚，实践中还存在不少问题。
招标文件的公平性问题。《清单规范》4.0.9条规定“工程量清单漏项或设计变更引起新的工程量清单项目，其相应综合单价由承包人提出，经发包人确认后作为结算依据”。建设部对该条的解释是“为了合理减少工程承包人的风险，并遵照谁引起风险谁承担责任的原则，本规范对工程量变更及其综合单价的确定作了规定。执行中应注意，不论由于工程量清单有误或漏项，还是由于设计变更引起的新的工程量清单项目或清单项目工程数量的增减，均应按实调整……”。但是，不少的招标文件中却有类似这样的规定：“招标文件所附工程量清单仅供参考，投标人须根据招标人提供的施工图纸和技术规范要求自行核实工程量后进行报价，本工程实行总价包干。”，还有的直接标明“由施工企业3日内复核，若无意见则接受，结算时不再调整”。显然这样的规定违反了《清单规范》和有关法规，是有失公平的。这种规避己方编制工程量清单不准确责任，将风险转嫁给投标人的现象，给下一步建筑项目的合同谈判、施工、管理、协调、工期、质量、索赔等等，都会带来一系列问题，处理不好，不仅投标人遭受重大损失，招标人同样不可避免地蒙受重大损失。
而且，即使投标人审核出有量差，招标人一般也不进行调整，而多是让投标人在报价中通过价格调整予以解决，但招标人以原工程量编制的标底却不做调整。因此，采用工程量清单计价进行招标还需要出台具体的法规、操作规程进行指导，以最终实现量价分离、风险共担，保护双方当事人的权益。
工程量清单的质量问题。工程量清单由发包人编制，是《清单规范》赋予发包人的责任，当其因自身原因不能编制时可委托具有相应资质的工程造价咨询单位编制。但是，当前不管是发包人还是工程造价咨询单位编制的工程量清单质量均不太高，存在清单范围不明确、项目特征描述不清、工程量计算不准、漏项严重以及与《清单规范》的计算规则不相吻合的现象。工程量清单编制工作质量的高低，直接影响到建设项目的投资、投标人的投标报价、施工过程中的管理、资金拨付以及最后的工程结算。工程量清单质量问题的存在，会给下一步的工作带来非常大的麻烦。
施工企业对工程量清单报价认识不足，风险估计不够，盲目进行报价。工程量清单报价实施以后，原有的企业预算价格体系受到很大冲击，新的报价体系尚待构建起来，企业定额缺乏，完全凭过去的经验结合市场行情报价，缺乏科学完整的投标评价体系；有的还投机心理严重，恶意压低报价。
评标过程中评标专家分析投标报价工作做得不够。工程量清单报价的优点在于工程量一致、子目一致。投标人只需根据招标人提供的工程量清单数量、子目报每项的单价和相关的措施费用及计算相应的税费，非常便于评标人员对各投标人的报价进行分析对比，以评价报价的合理性，但这项工作往往做得不够。一些评标专家迎合招标人心理，不对投标报价进行仔细的研究分析和公正客观的评判，仅仅对各投标人所报总价进行比较，强调最低价中标。
工程建设领域的商业贿赂
当前，我国正处在工业化和城镇化建设的重要时期，国家在城镇建设和基础设施建设方面投资巨大。城镇建设涉及土地出让、工程建设、房地产开发以及与之相关的行政审批管理、银行信贷等，这些领域和环节成为商业贿赂犯罪的高发部位。城镇建设领域商业贿赂犯罪涉案范围广，发案环节多，主要涉及基础设施建设、房地产开发、单位所属工程建设、土地出让等领域和土地管理、城镇规划、市政建设和建筑企业等行业、部门；主要发生在项目规划审批、市场准入、土地出让、工程招标投标、验收和监管等环节，以及征地拆迁、工程建设、材料设备采购、资金管理、资产评估等环节，并且以城镇基础设施建设领域和单位所属工程建设居多。
上述问题的存在，后果非常严重，危害性极大，严重破坏市场公平竞争秩序，造成工程建设质量、安全生产隐患；工程建设领域商业贿赂问题直接影响了投资环境，甚至形成“不送礼，就没有工程”、“不送礼，就不能中标”的“潜规则”，败坏党风和社会风气，不利于构建和谐社会。