一、大坝安全鉴定和工程设计
（一）安全鉴定工作存在缺陷。
1．未进行安全鉴定或先开工后再进行安全鉴定，鉴定中有作假行为等。
在未做安全鉴定的前提下直接进行除险加固初步设计，使初步设计缺乏依据，所采取的除险加固措施，不能完全消除病险水库存在的问题和安全隐患。
2．安全鉴定中对除险加固的必要性未进行充分论证。
一些水库防洪标准不够、淤积严重、原设计功能基本丧失或被其他工程代替、病险严重，除险加固技术上不可行，经济上不合理，完全可以用降等报废的办法保证安全，但为了争取中央资金，也作为病险加固项目上报，未对必要性进行充分论证。
3．投入经费少，工作周期短。由于资金紧张，无法开展必要的地质勘探等技术工作。为了抢时间、赶进度、早立项，安全鉴定工作周期短，使得评价承担单位简化一些必要的环节。
4．基础资料缺乏。部分项目无勘探实验资料、水文验证资料、工程原设计施工资料和运行管理资料，也不做地质勘探，不进行大坝现状检查、检测，安全鉴定依据不充分。
5．分析论证和评价工作不深入，安全评价报告质量差。特别是中小型水库，安全鉴定技术分析方法和手段落后，对病因的分析过程简单，论证缺乏针对性，编制的安全评价报告质量较差；有的甚至基本无分析论证过程，只有三类坝的结论，安全鉴定工作流于形式。
6．安全鉴定成果未经水利部大坝安全管理中心核查。
（二）个别项目前期工作审批立项程序不符合规定。
按规定，总投资2亿元以上（含2亿元）或总库容大于10亿m3的险库须编制可行性研究报告，再编制初步设计。但有的大型水库除险加固工程未进行可行性研究,直接编制初步设计。
（三）初步设计深度不够、设计质量较差。
1．地质勘探工作达不到初步设计阶段要求。部分水库工程探孔太少或土工试验组数太少，使其成果的代表性不足。部分水库分析成果资料不全或不符合常规，个别水库的安全鉴定作了补充报告，补充了新的地勘资料，物理系数与当时作初设时发生了变化，初设却没有及时调整，因此不能保证加固方案的可靠性。
2．工程水文资料不够充分。部分项目依据的水文系列不够长，代表性不足，直接影响水库加固规模和标准。一些库区水文站实测水文资料过短，也没有收集分析周围相关地区的实测资料，分析计算出来的设计洪水标准与实际出入较大。
3．初设报告缺乏必要的加固方案比较，选定的加固方案不合理。
4．技术方案不可行
5．施工方法、工艺选择以及工期安排不当
6．故意扩大工程规模，造成投资增加
部分项目为了多争取中央补助资金，减轻地方配套资金压力，故意扩大工程规模，主要是采取在工程量上打“埋伏”的方式，造成工程总投资增加。
7．概算编制不合理
一是定额的选择和取费标准的不同。编制概算的定额依据、编制办法和取费标准各不相同，有的采用水利部定额，但更多的是采用本省定额。
二是初设完成时间较早，投资变化较大。
（四）个别项目设计单位资质不够或单项工程的设计单位无资质。
（五）个别流域机构初步设计复核工作不够严格
个别流域机构在初步设计复核工作过程中，现场勘查工作不够深入，造成复核除险加固技术方案时缺乏针对性；对工程概算的审查、复核不严格，造成工程投资缺乏经济合理性；对工程超标准建设、新增建设内容及经营性项目把关不严等。
（六）重大设计变更不履行报批手续。
在除险加固实施过程中，设计方案发生重大变化，大幅度调整建设规模，调整建设项目等，但建设单位不按规定履行报批程序。
二、建设管理方面
（一）项目法人责任制不落实。
1．项目法人责任单位虚化或责任主体不明确。
继续沿用加固工程指挥部模式或成立领导小组的方式组织实施，无专职机构和人员，项目法人责任制无从落实；或是既有指挥部或领导小组，由指定水库管理单位实施，但不明确权责和分工，遇事互相扯皮推诿。
2．机构不健全，人员不落实，管理制度缺失或执行不力，项目法人责任制难以落实。
长期不明确项目法人单位的法定代表人和主要技术负责人，项目法人单位的人员数量、专业结构和素质与承担工程项目的等级、重要性和技术复杂程度不相适应等。
3．对工程的质量、进度、资金使用未进行有效地控制和管理，履行职责不到位，致使除险加固工程项目存在许多问题。
（二）未严格执行招标投标的有关规定。
1．招标方式不合法。未经批准擅自采取邀请招标或者议标的办法确定施工队伍，部分项目存在规避招标的现象，有的甚至采取自营方式施工。
2．招标文件编制不合法。
招标文件中没有工程量清单、技术条款、设计图纸、评标标准和方法及必要的商务条款，合同文本也没有全部采用部办示范合同文本，仅为合同协议书，无保函文件。
3．招标程序及有关评标活动不合法。
邀请或竞争招标的投标人不符合法定数量；公告的发布和评标委员会组建不符合有关规定；招标或动中有关程序的时限不符合法定要求；开标后临时确定评标标准和方法，采取措施排除潜在中标人，降低投标竞争性。等等。不少项目名为招标，实为制定操作。
4．投标人或中标人资质不满足要求；工程施工中部分中标单位存在借壳挂靠、转包或违法分包等问题。
（三）建设监理制落实不到位。
1．监理单位资质不够。
2．现场人员数量、专业结构和基本素质，不满足工程建设监理工作需要。
监理单位派驻现场的监理人员持证率低，一般情况下，有20%的人员不具有监理资格，部分监理单位最高有80%的人员无证上岗；监理单位临时聘请的现场工作人员，既不具备监理资格，又没有任何专业技能。
3．监理工作不规范、不认真履行职责，监理控制不力，不能发挥相应的现场控制与管理作用。
不按要求派驻现场监理机构；总监理工程师不驻工地，由其他监理人员代行总监职责。
不按规定编制监理实施细则或编制的实施细则过于简单，不具备可操作性。
质量控制不力，不按要求认真履行旁站监控、工程质量平行抽检等职责，不认真填写监理日志，监理资料失真。
甚至有的还伙同施工单位或项目法人共同弄虚作假，套取建设资金。
（四）合同管理部规范，不严格实行合同管理。
1．编制不规范、内容不全。合同无工程建设内容、范围和规模，无技术条款、履约保函等要件，仅列合同价或单价。
2．鉴定不规范。合同签订单位与具体实施单位不一致，合同签订人既不是法人代表，又没有授权委托。部分建设项目合同，无承包方法定代表人或授权委托人签字。协议书上的合同价不是中标价，总价涂改也未盖公章。
3．执行不严。合同双方不认真履行约定的相关义务，超合同或合同外使用建设资金的问题比较普遍
三、计划下达与执行方面
（一）配套资金计划落实不到位，少数省级计划、水利主管部门擅自越权调整配套资金计划。
（二）工程进度缓慢，建设工期严重滞后。
四、 资金使用及管理方面
（一）概算外或超概算使用建设资金。
（二）将国债资金用于非主体工程建设。主要用于支付设计费、监理费、租车费、租房费、咨询费等费用。
（三）挤占、挪用建设资金。
（四）财务基础工作薄弱，会计核算和工程价款结算不规范，现金使用管理混乱。主要表现为财会机构不健全，财务人员素质低、管理制度不完备、核算程序不规范、工程价款结算不规范、大额使用现金和白条抵库等问题。
（五）地方配套资金到位率低。
五、工程质量方面
（一）工程病险未彻底消除，存在安全隐患。
1．未按设计要求完成主体工程建设，特别是大坝防渗补强灌浆、防渗墙、坝体和泄洪设施加固施工不按设计要求完成。
2．部分工程施工质量差。
一是施工单位使用的建筑材料不合格，二是工程施工质量不满足规程规范要求。
（二）除险加固项目存在防汛安全隐患。
一是工程主要项目未完成投入运行，二是项目跨汛期施工，未制定度汛应急方案，工程度汛存在安全隐患。
（三）参建单位质量管理责任意识差，质量管理体系不健全，质量管理工作不到位、工程质量难以保证。
项目法人将工程发包给不具备资质等级的施工单位施工，对工程转包或违法分包问题不及时制止；不督促监理单位认真履行监理职责；不按规定组织有关单位对工程及时进行验收等。
勘察设计单位未履行职责，不按规定派驻设计代表常驻工地；未参加重要隐蔽工程验收；对重大设计变更问题不及时提出处理意见等。
监理单位不按规定严格执行平行检测和旁站监理；对完成工程量和工程价款结算未履行签证手续；质量评定复核流于形式；对工程质量未能适时有效控制；对重要隐蔽工程不及时组织验收等。
施工单位违法转包，以保代管；施工组织管理和质量控制不力；不按照设计要求组织施工；质量意识差，三检制不落实，不按要求进行质量控制检测；不进行质量评定或评定结果失真；施工以次充好、偷工减料等。
（四）政府质量监督工作不到位。
部分地方水行政主管部门不按规定对工程建设实施政府质量监督。已开展政府质量监督的项目，政府质量监督机构不认真履行监督职责，工作流于形式，监管工作不力。