国家发展和改革委员会、水利部、卫生部2007年根据国务院批准的《全国农村饮水安全工程“十一五”规划》（以下简称《规划》〉以及近期国务院领导的有关批示精神和要求，针对当前农村饮水安全工作中存在的薄弱环节和问题，共同发出通知（发改农经〔2007〕1752号），要求进一步加强农村饮水安全工程建设和运行管理工作，并发布了《农村饮水安全项目建设管理办法》（详见附录1.6）。
第一条规定为加快解决农村饮水安全问题，改善农民的生存环境和生活条件，国家决定在中央建设投资中安排部分资金，专项用于补助农村饮水安全工程建设。为加强项目建设管理，保证各项建设任务的顺利完成，根据国家有关规定，制定本办法。本办法适用于《规划》范围内的中央补助投资项目。
第二条规定解决农村饮水安全问题的范围：全国30个省（自治区、直辖市）的乡镇(不含县城城区）、村庄、学校、国营农场和林场，以及新疆生产建设兵团的团场和连队饮水不安全人口的生活饮用水。凡因开矿、建厂、企业生产及其他人为原因造成水源变化、水量不足、水质污染引起的农村饮水安全问题，由责任单位或责任人负责解决。
第四条规定日供水1000m3 (或供水人口 1万人）以上的单项工程按照基本建设程序进行建设和管理，其他工程参照基本建设程序管理。
第五条规定发展改革部门商有关部门做好农村饮水安全工程规划编制报批、项目审批、投资计划审核下达和建设管理监督等工作。水利部门商卫生等部门做好工程规划、可行性研究报告、初步设计或实施方案编制等工作，具体组织和指导项目的实施及运行管理。卫生部门负责项目建成前后的水质检测、监测，并提出地氟病、地砷病、血吸虫疫区需要解决饮水安全问题的范围。
第十三条规定农村饮水安全工程投资，由中央、地方和受益群众共同负担。各地要足额落实地方建设投资，其中省级安排的投资不低于全部地方投资30%。同时，各级政府都应安排一定资金用于农村饮水安全工程前期工作、项目管理，以及水源保护和水质检测、监测等工作。
第十五条规定解决规划外受益人口饮水安全问题、提高工程建设标准以及解决农村安全饮水以外其他问题所增加的工程投资由地方从其他资金渠道解决。中央补助投资巳解决农村饮水安全问题的受益区内如出现反复或新增的饮水安全问题，由地方自行解决。
第十六条规定农村饮水安全项目管理实行分级负责制。地方各级目标责任单位要同目标管理单位签订目标责任书，明确双方的任务与责任。
第二十一条规定项目建设完成后，由项目审批部门商卫生等部门共同组织竣工验收。省级验收总结报送水利部。验收结果将作为下年度项目和投资安排的重要依据之一。对验收不合格的项目，要限期整改。
第二十二条规定项目验收合格后要及时办理交接手续。要明晰工程产权，落实管理主体，制定管理措施，建立健全工程维修、养护、用水、节水、水费计收、水源保护、水质监测等各项规章制度，确保工程长期充分发挥效益。
第二十三条规定省级发展改革和水利部门全面负责对本省项目的监督和检查，涉及防病改水的，应有卫生部门参与。检查内容包括组织领导、制度和办法的制定、项目进度、工程质量、投资管理使用、合同执行情况等。