水电站工程施工流程主要包括以下几个阶段：
前期准备工作：进行场地勘察，确定基础设计方案和技术路线，并进行施工策划和技术准备。
基础工程建设：包括水电站土建工程、主体结构建设和水电站厂房建设等工程建设。
水工建筑施工工程：包括电站堰段建设、水池建设、渠道建设等水工建筑工程的施工。
电气设备安装：包括发电机组、变压器、开关设备、电缆敷设等电气设备设施的安装。
蓄水（试运行）：进行水电站的蓄水（试运行）工作，检查、验证电站各项设施是否运行正常，确保水电站设施满足使用要求。
正式运行：进行实际能源产生，满足电力市场需求。
以上是水电站工程施工流程的大概步骤，具体的施工流程会各不相同，因地制宜，根据具体工程而定。在工程施工的全过程中，需先进行确定施工技术路线，在数据和实际的基础上，细化各项施工任务，分配人力物力资源，保证整个工程的顺利实施。在施工工作中，应不断进行检查和问题解决，保持安全、质量、进度，并时刻关注环境和保护生态建设，保护环境，达到建设可持续发展的目标。