工程水文地质学与水文地质学都是研究水文地质问题的学科，但是两者在研究对象、研究内容和应用方面存在以下几个不同点：
1. 研究对象不同：水文地质学主要研究地下水的形成、流动、储存和分布规律，涵盖的范围比较广泛；而工程水文地质学对水文地质学中的某些问题进行深入研究，主要关注对工程建设和运营产生影响的地质水文现象，如地下水位变化、地下水质量、土壤和岩石的稳定性等。
2. 研究内容不同：水文地质学主要研究地下水循环、地下水形成和水文地质作用等基础理论；而工程水文地质学则主要研究水文地质与工程结构相互影响的问题，并且强调工程建设中的技术和实用性。
3. 目的和应用不同：水文地质学的主要目的是了解地下水的分布情况和其对自然环境的影响，对保护地下水资源和环境的决策提供科学依据；而工程水文地质学则注重利用水文地质相关理论来指导和解决复杂的工程问题，如隧道、地铁、水库、大坝等工程工程建设的实践问题，从而提高工程的建设水平和效益。
水文地质学和工程水文地质学都是对地下水资源和环境的研究，这两个学科在研究方法和技术上有所区别，根据实际问题的需求，采用相应的方法和理论，以提高水文地质问题的综合解决能力。