总分包合作风险主要包括分包合同内容及形式不合法的风险、分包或分包人再次分包的风险、挂靠或允许他人借用本企业的****及资质证书承揽工程的风险、分包合同订立不规范的风险、以包代管的风险、业主指令分包风险等。对总分包合作风险的控制可以采取以下措施：
实行资信申报制度，建立完善的合格分包商名录。建立完善的合格分包商资信申报制度是一切活动的前提。对分包商我们按照自愿、互信的原则，实行合格分包商准入制。在积极与原有分包商合作的同时，不断扩大范围。根据以往经验我们总结出了一套适合施工企业的合格分包商资信申报条件。按照制度要求，无论内部和外部的分包商，如要承担相关施工任务，只有满足要求并且经过总包单位分包商资信管理部门审核通过后，才能够从事相关施工任务。凡被列入不合格劳务分包商名单和禁用劳务分包商名单的，不予接受其资信登记申请。
强化分包商的选择机制。我们要求项目部在施工准备阶段对工程项目的施工内容、技术要求、工艺复杂程度、重点难点、自身能力、社会资源状况等因素进行综合分析，编制项目实施规划，在项目整体策划的基础上，对工程的分包工作进行专门策划，制定项目部分包方案，分包方案报上级主管部门及项目业主和监理工程师审批同意后实施。公司下属各单位进行分包时，首先从总部合格分包商名录中选用，如数量不能满足需要时，经上级同意并经过评价后可从名录之外的合格分包商中选用。分包商的选择要遵循公开、公平和公正的原则，按照公司规定，采取公开或邀请招标方式选择。不具备公开或邀请招标条件的，可以采用询价议价的形式选定分包商。
对分包队伍的管理制度化、常态化。对参与施工的分包队伍，公司一直强调要将其作为项目部的一个管理团队来对待，要理解并善待分包商。将其内部组织机构、制度体系建设、驻地布局和视觉形象、人员教育培训、设施设备管理等纳入项目部管理体系中进行统一管理。我们规定项目部必须对分包商施工全过程进行跟踪控制管理，接受上级监督检查，杜绝以包代管现象。同时也规定了项目部必须对分包商明确各项考核目标、指标，制定奖惩措施，兑现奖罚承诺，形成良性竞争氛围，充分调动分包商积极性。
公司和下属各单位及项目部针对分包商施工人员的教育培训组织策划，通过专业培训、专业技术交底、现场经验交流、关键施工技术研讨等多种方式，有计划地对分包商施工人员进行施工技能和质量安全意识教育培训，宣传、灌输企业文化理念及各项规章制度，引导分包商施工人员认知、认同并自觉践行企业文化理念，提高分包商施工人员的综合素质，打造利益共同体。
建立和完善分包商信誉评价体系。为了让更优秀的分包队伍在企业内得到效益最大化，同时杜绝不合格分包商再次在其他子公司或项目上使用，企业及时建立了劳务分包商信誉评价体系。我们的日常做法是将分包商信誉等级分为优秀、合格、不合格三个等级，被评为优秀的，可在企业范围内承担相应资质等级的分包任务，也可实行优质优价，避免履约保证金;被评为合格的，可在企业下属单位范围内承担相应资质等级的分包任务;被评为不合格的列入不合格分包商名单，限制或禁止在企业内承担施工任务。
加强合同管理，建立风险共担机制。总包与分包要及时签订分包合同，合同内容不留死角，明确双方的义务和责任。有些项目由于工期紧、任务重、分包工程不能及时签订合同，引进分包队伍只管干活抢进度，形成了既成事实，或将某些敏感的经济条款放到工程干完再谈。特别是有些专业引进的分包队伍，先干后签导致合同谈判处于非常被动状态，达不到预期的分包目的，极易导致双方扯皮和发生经济纠纷。
分包工程结算与付款程序要规范。分包工程的合同管理有很多问题出现在预付款上，项目分包工程出现的超支付现象就是其突出表现。分包工程进度及工作量实际完成情况应与实际支付相匹配，同时及时了解农民工工资是否及时发放，否则分包工程的合同管理就会处于被动状态，从而给分包结算带来较大的风险。
合同应制订有效杜绝工程转包及层层分包的条款。分包工程如果管理不到位，很容易出现转包及层层分包现象，有时会出现资源无法保证，从而影响进度，使项目处于被动状态。另一项极其重要的工作就是及时建立分包工程合同管理台帐，反映项目与分包商之间的合同额、分包工程的形象进度、工程结算、材料领用、机械租赁、工程付款、工程变更索赔、工程结算支付、质量保证金及其它各项费用，要能够全面、及时、动态地放映分包工程合同管理状况，为分包工程管理的各种决策提供真实的依据，实现对分包工程的有效监管。