根据全生命周期工程造价管理的定义，全生命周期工程造价管理思想和方法不能只局限于工程项目建设前期的投资决策阶段和设计阶段，还应该进一步在施工组织设计方案的评价、工程合同的总体策划和工程建设的其他阶段中使用，尤其是要考虑项目的运营与维护阶段的成本管理。在全生命周期工程造价管理的很多阶段都会涉及到全生命周期成本的计算和方案的选择，只是具体细节和计算精度可能不同，例如估算阶段，建设成本和δ来运营维护成本的计算都很粗略，到了设计阶段，建设成本（施工图预算）是参照施工图，根据定额或建立在对己完工程数据库基础上的数学方法计算出来的，比较准确，在设计阶段不仅要给出设计方案还要给出δ来的运营和维护方案因此，δ来成本的准确度也比较高。在建设过程中，应对建设全生命周期的造价控制负责，严格按批准的可行性研究报告中规定的建设规模、建设内容、建设工期和批准的建设项目总投资进行建设，按照国家有关工程建设招标投标管理的法律、法规，组织设计方案竞赛、施工招标、设备采购招标等，努力把工程造价控制在批准的总造价以内。建设项目投资决策阶段的主要任务是要对拟建项目进行策划，其可行性进行技术经济分析和论证，从而作出是否进行投资的决策。决策的依据是在所有外部条件因素都相同的情况下，生命周期成本最小的方案为可选择的方案。
设计阶段是工程造价管理的重点，仅就工程造价费用而言，进行工程造价控制就是以投资估算控制初步设计工作；以设计概算控制施工图设计工作。如果设计概算超出投资估算，应对初步设计进行调整和修改。同理，如果施工图预算超过设计概算，应对施工图设计进行修改或修正。要在设计阶段有效地控制工程造价，是从组织、技术、经济、合同等各方面采取措施，随时纠正发生的投资偏差。在设计阶段，要考虑地点、能源、材料、水、室内环境质量和运营维护等因素。同时，如果有多个设计方案，则需要进行设计方案的优选，设计方案优劣的标准就是生命周期成本最小化，生命周期成本中，对建设成本、δ来的运营和维护成本都可根据我们在第五章中设计的全生命周期工程造价统一计算的方法和计算机实现步骤进行计算。
实施阶段如前所述，为了方便管理可将其进一步细分为招投标阶段和项目施工阶段两个子阶段，具体的管理如下所述。招投标阶段的工程造价管理，是以工程设计文件为依据，结合工程施工的具体情况，参与工程招标文件的制定，编制招标工程的标底，选择合适的合同计价方式，确定工程承包合同的价格。投标时分为技术标和商务标，在进行技术标的评价的时候不仅要考虑建设方案还有考虑δ来的运营和维护方案，这两者均优的方案才是最好的技术方案。在评价商务标的时候，评价的依据应该由原先的建设成本最低变为建设项目生命周期成本最低。美国爱荷华州的法律就规定，评标的决策依据就是生命周期成本最低。
施工阶段的造价管理一般是指建设项目已完成施工图设计，并完成招标阶段工作和签订工程承包合同以后，造价工程师在施土阶段进行工程造价控制的工作。施工阶段工程造价控制是把计划工程造价控制额作为工程造价控制的目标值，在工程施工过程中定期地进行工程造价实际值与目标值的比较，确保工程造价控制目标的实现。在施工阶段，需要编制资金使用计划，合理地确定实际工程造价费用的支出；以严格的工程计量，作为结算工程价款的依据；以施工图预算或工程合同价为控制目标，合理确定工程结算，控制工程进度款的支付；严格控制工程变更，合理确定工程变更价款。