1、要做好总体规划，突出建设重点
水利工程的管理要有明确的总体规划，科学合理的规划是搞好水利建设，保证工程质量的关键。总体规划的重点内容要对建设方向的确定，只有明确的工作重点才可把水利工程建设的方向确定下来，然后再对一些次重点工程进行合理的规划。规划重点工程的时候要考虑到区域环境，以确定当前急需改进的工程项目，并通过重点项目的启动与实施，来推动水利建设，只有这样才可全力服务经济社会发展与服务社会主义建设。
2、扩大投资
为了合理地分配水利建设的资金，要做到区域内的平衡、和谐建设，水利建设管理部门可以对现有工程进行维修扩建与改造，以确保对农田水利基础设施的建设，以及适应农村水利发展的要求。增加地方财政投入的同时，地方政府也要加强对农村小型水利工程建设的行政领导，并积极调动组织群众参与水利工程建设的积极性，充分发挥政府资金的引导作用，积极鼓励村民投入到水利工程建设中，以节省人力资金，以免出现由于资金短缺使得一些重点工程遭到停滞。为了杜绝挤占挪用农田水利专项资金现象的发生，工程建设的主管部门应设立专门的财务管理单位，并在重点工程依情况设立监察团队，要求财务管理人员进行周期性的资金账目总结，以确保资金使用方向有账可查、有迹可循。
3、要注重水利工程建设人员素质的培养
重视水利工程建设的技术性开发，我们就要重视对水利工程人力资源的开发。针对施工建设人员应进行岗前培训，保证水利建设工作的开展能够有较强的人员技术做支撑。同时，对于一些新的施工技术要有计划及按步骤地选拔人才去深造，可与相关院校、有关单位搞好人员的培训，以适应岗位需要与市场需求。其次，要通过建设培训来更新农田水利工程基础建设人员的知识，以拓宽其视野，使具体的建设工作更有预见性与前瞻性，以免出现不必要的工程质量问题。
4、要建立专项工程账目管理机制
建立专项工程账目，确保专款专用是对整个水利工程的建设，有重大意义。有专门的资金管理部门，可使资金的使用率达到最大化，如小型农田水利建设资金要专账、专户与专人管理，并要按工程进度拨款，严格按照相关的规定来办事，不能越级对资金的使用，而且在使用之后，要有详细的记录。资金流转要通过银行转账或电汇，工程完工后应及时办理竣工决算。