全国中小河流治理工作自2009年启动以来，成效较为显著。但某些中小河流治理项目存在基础资料缺乏、设计理念滞后、后期实施困难等问题。对于受到人类活动影响较大的采砂河道，河道现状情况更为复杂，设计工作的难度也更大。
1.认真搜集资料
设计工作前期应该认真搜集相关资料，包括已有的文字资料和现场调查资料。已有的文字资料主要为流域综合规划、流域防洪规划、土地规划等文件。现场调查的内容主要包括以下7个方面的基本情况：一是河道历史特别是近期洪水的水位、流量，是否出现过险情，险情出现位置以及原因分析等。二是河道内外的采砂活动是否有规划，采砂活动是否处于可控状态，采砂活动是否对河道的防洪安全产生影响等。三是调查清楚河道内外工程可能影响的范围内土地权益的归属，为工程布置提供参考，土地征用困难是阻止后期工程实施的最大障碍。四是河道内现有的或拟建的水闸、橡胶坝、堰体等对水位和流量起控制作用的水工建筑物，需要明确建筑物的位置、堰顶高程、孔口尺寸等。五是河道两岸向河道内排水或从河道引水的渠道、涵管、闸门等建筑物，需要调查清楚建筑物的数量、位置、高程、孔口尺寸等。六是穿越河道的电力、石油、热力、供水管线等，应对管线的权属、等级、规模、管顶高程、安全要求等进行全面的调查，在设计工作中进行相应的迁建或采取相应的保护措施。七是调查清楚桥梁等级、结构型式、梁底高程、桥孔跨度、桥墩尺寸、桥墩抗冲深度等。对于采砂规模较大并且需要采用外调土筑堤的河道，还需要对取土料场进行调查。
2.合理确定防洪标准
首先应根据保护对象的级别和受灾后的影响严重程度，按照《防洪标准》（GB50201-2014）分段确定防洪标准。另一方面中小河流治理应服从流域综合规划或防洪规划要求。防洪标准的确定除了应满足治理河段自身的防洪要求外，还应与大江大河干流及其主要支流的防洪标准相协调，统筹协调治理河段与下游河段防洪标准的关系，防止洪水风险转移。
3.科学布置堤线
堤线布置对河道的行洪能力、工程投资规模都有重要的影响，考虑工程布置方案时应首先对堤线进行科学、合理的布置。在满足河道行洪的前提下，河道堤线的平面布局应尽量维持河道的自然形态。近年来部分河道因无序的采砂活动，河道断面产生较大变化，岸线位置发生移动，但相应的土地权属却没有重新认定，现状河道内的土地性质可能是耕地或城市土地。
4.严格进行河道水面线计算
水面线是河道治理工程设计的重要依据，应根据河道的具体情况对水面线进行分析计算。应根据具体的减糙措施选择合理的设计河道糙率，并充分考虑在工程运行期内糙率的变化趋势，对于采砂河道，更应考虑到采砂遗留的砂坑对设计河道糙率的影响。计算水面线时应充分考虑到河道内现有的桥梁、堰体等节点建筑物对水面线的影响。采砂河道现状河底高程可能低于设计的河底高程，但应注意到设计河底高程以下的河道断面属于无效过水断面，计算水面线时过水断面应考虑到将这部分断面扣除。
5.因地制宜确定工程措施
应根据河流现状和主要问题，在综合考虑河流特点、地形、地质、施工条件、环境影响等因素的基础上确定工程措施。河道堤岸防护措施应尽量采用有利于生态和景观的措施，避免硬化、渠化河道。充分考虑河道河势演变的规律，采用安全的抗冲措施。在选择工程措施时应考虑地下水对施工质量、施工安全的影响。对于高地下水位的河道，应列计充足的排水费用和避免过深的基坑开挖设计方案。
6.根据现场情况合理变更设计
近年来的人类活动对于河道的影响较大。如果工程批复后未能及时实施，现场地形就有可能发生较大变化，比如造成现状河底高程低于原设计资料中的河底高程，这将影响河道内的可用土方量和防护工程的安全，需要根据具体情况对设计进行适当的变更，以确保工程的顺利实施和工程安全。