水利工程设计的特点主要有以下几点：
- 系统性和综合性：水利工程设计必须从全局出发，进行系统分析和综合研究，统筹规划各项工作，使各项任务和各种关系协调一致，做到整体优化。
- 社会环境影响大：水利工程对江河、湖泊以及附近地区的自然面貌、生态环境、自然景观，甚至对区域气候都将产生不同程度的影响。设计时必须对这种影响进行充分估计，消除其消极影响，发挥水利工程的积极作用。
- 涉及学科门类多，技术密集大：水利工程设计包含多个学科和专业，如水文学、工程地质、工程力学、结构设计、施工技术等。同时，水利工程建设涉及面广，如水库库容、水电站装机容量、防洪标准等都需要进行精细计算和综合平衡。
- 立项审批严格：水利工程建设需要经过政府规划、河流规划、预可行性研究、可行性研究、初步设计、技术设计、招标设计、施工图设计、竣工验收投产等阶段，各个阶段都必须经过国家或各级政府或管理部门的批准或核准及审查。
- 施工的特殊性：水利工程建设周期长，有的工程必须分期、周期性施工。同时，水利工程建设防洪等公益性任务与商业盈利的矛盾比较突出，需要在工程建设和运行管理中妥善处理。
- 知识密集型的智力劳动：水利工程设计属于知识密集型的脑力劳动，在设计企业内部专门设置有地勘、测量、水文、规划、水工、施工、机电、水库移民和环境影响评价、科研试验(水工模型)、建筑、交通、观测、暖通、消防、安全评价、水土保持、工程造价等等诸多专业。高于其它行业设计。